在员工自己申请工伤认定的情况下，用人单位需要承担的费用主要包括以下几个方面，我会为您详细梳理和说明：
一、停工留薪期相关费用
停工留薪期工资福利：员工因工作受伤或患职业病需要暂停工作接受医疗时，用人单位应按月支付其原工资福利待遇。这个期限一般不超过12个月，但如果伤情严重或情况特殊，经过市级劳动能力鉴定委员会确认，可以延长，但延长期限也不超过12个月。
停工留薪期护理：对于生活不能自理的工伤员工，用人单位需要负责其停工留薪期的护理工作。这可以由用人单位自行派人护理，也可以支付护理费请人护理，护理费的标准参照当地护工同等级别护理的劳务报酬。
二、医疗费用及康复费用
用人单位需要承担员工治疗工伤所需的全部费用，这包括医疗费、康复费等。这些费用必须符合工伤保险的相关目录和标准，确保员工能够得到及时、有效的治疗。
三、住院伙食补助费及交通食宿费
员工住院治疗工伤期间，用人单位应按本单位因公出差伙食补助标准的70%发给住院伙食补助费。如果员工需要到统筹地区以外就医，并且经过医疗机构证明并报经办机构同意，那么所需的交通、食宿费用也由用人单位按因公出差标准报销。
四、护理费（针对已评定伤残等级的员工）
如果工伤员工生活不能自理，并且已经评定伤残等级，经过劳动能力鉴定委员会确认需要生活护理，那么用人单位需要支付相应的生活护理费。这个费用的具体标准根据护理依赖程度来确定。
五、未缴纳工伤保险的费用承担
如果用人单位未为员工缴纳工伤保险，那么原本应由工伤保险基金支付的所有费用，如医疗费、康复费、住院伙食补助费、交通食宿费、护理费、一次性伤残补助金等，都将由用人单位承担。这是用人单位未履行法定义务所应承担的法律后果。
六、部分伤残等级对应的费用
五级、六级伤残津贴：对于被鉴定为五级、六级伤残的员工，用人单位应保留劳动关系并安排适当工作。如果难以安排，那么需要按月发给伤残津贴，标准为五级伤残为本人工资的70%，六级伤残为本人工资的60%，并且需要缴纳社会保险费。如果津贴低于最低工资标准，用人单位还需要补足差额。
一次性伤残就业补助金：对于被鉴定为五级至十级伤残的员工，如果劳动合同期满终止或者员工提出解除劳动合同，用人单位需要支付一次性伤残就业补助金。这个费用的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定。
额外提醒：
如果用人单位未在规定时限内为员工申请工伤认定，而员工最终被确认为工伤，那么在此期间及后续产生的相关工伤待遇费用也应由用人单位承担。这是用人单位未履行法定义务所应承担的额外法律责任。
综上所述，用人单位在员工工伤认定后需要承担的费用涵盖多个方面。为了确保员工权益得到保障，并且减轻自身的经济负担，用人单位应及时为员工缴纳工伤保险，并严格遵守相关法律法规的规定。