结论：自用车用于营运且超员发生事故时，保险赔偿情况需分情况讨论，主要取决于保险合同条款、事故责任认定以及是否履行了如实告知义务等因素，以下为你详细分析：

1. 保险合同条款的约定
   • 营运性质变更未告知：如果车辆原本是自用车，但在投保时未向保险公司如实告知车辆用于营运的情况，那么在发生事故时，保险公司很可能会以投保人未履行如实告知义务为由拒绝赔偿。因为营运车辆与自用车在风险程度上存在显著差异，营运车辆的使用频率更高、行驶里程更长，面临的风险也更大，所以保险公司对于营运车辆的保费收取通常会高于自用车。若投保人擅自改变车辆使用性质却未告知，破坏了保险合同的基础，保险公司有权拒赔。
   • 保险合同明确排除营运风险：有些保险合同中会明确约定，对于车辆从事营运活动所导致的事故不予赔偿。即使投保人告知了营运情况，但只要在合同中有此类明确排除条款，那么在因营运超员发生事故时，保险公司也可以依据合同约定拒绝承担赔偿责任。
2. 超员对保险赔偿的影响
   • 违反交通法规的超员：超员本身是一种违反交通法规的行为。如果事故的发生与超员存在直接的因果关系，例如因超员导致车辆制动性能下降、操控性变差等，从而引发了事故，那么保险公司可能会在赔偿时进行一定的免赔。免赔的比例会根据保险合同的约定以及事故的具体情况来确定。
   • 超员但与事故无直接因果关系：如果超员行为并没有直接导致事故的发生，而是由于其他原因（如对方车辆违规行驶等）引发了事故，那么保险公司通常会在保险责任范围内进行赔偿。不过，在赔偿时仍然可能会考虑超员这一因素对事故损失的影响程度，适当调整赔偿金额。
3. 事故责任认定
   • 己方全责：如果经交警部门认定，在事故中己方承担全部责任，那么对于对方的损失，在交强险责任限额内，保险公司会先进行赔偿。交强险赔偿后不足的部分，如果车辆投保了商业三者险，保险公司会根据商业三者险的合同约定进行赔偿。但如果存在上述保险合同约定的拒赔或免赔情形，保险公司会相应减少或不承担赔偿责任。对于己方的车辆损失和人员伤亡，如果投保了车损险和车上人员责任险，保险公司也会根据合同约定进行赔偿，但同样会受到车辆使用性质变更、超员等因素的影响。
   • 对方全责：若对方在事故中承担全部责任，那么己方的损失应由对方的保险公司进行赔偿。己方车辆的保险公司在这种情况下一般不承担赔偿责任，但会协助己方进行索赔。不过，如果己方存在超员等违法行为，可能会在对方保险公司赔偿时产生一定的影响，例如对方保险公司可能会以此为由主张减少赔偿金额，但这需要对方保险公司提供充分的证据证明超员与事故损失之间的关联性。
   • 双方都有责任：在这种情况下，交强险会先在责任限额内进行赔偿，超出交强险赔偿限额的部分，按照双方的责任比例进行分担。己方车辆的商业险赔偿也会根据保险合同约定以及上述各种因素来确定最终的赔偿金额。

建议：在处理此类事故时，首先要及时报警，由交警部门对事故责任进行认定。同时，要尽快通知保险公司，并按照保险公司的要求提供相关的证明材料。如果对保险公司的赔偿决定有异议，可以通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。如果你还有其他关于保险赔偿方面的疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。