在刑事案件中，如果同案犯中有人认罪而有人不认罪，司法机关会采取一系列措施来查明案件事实，并依法作出处理。以下是对这一问题的详细分析：
司法机关的处理方式：
- 分别审讯：司法机关会对认罪和不认罪的犯罪嫌疑人进行分别审讯，以避免串供或相互影响。在审讯过程中，会详细询问每名犯罪嫌疑人的作案动机、时间、地点、手段等关键信息。
- 调查取证：司法机关会积极收集与案件相关的证据，包括物证、书证、证人证言、鉴定意见等。通过比对和分析这些证据，可以进一步核实犯罪嫌疑人的供述是否真实可靠。
- 综合判断：司法机关会根据收集到的证据和犯罪嫌疑人的供述进行综合判断。如果认罪者的供述与其他证据相互印证，形成完整的证据链，而不认罪者拒不认罪且没有其他证据支持其无罪主张，那么司法机关可能会更倾向于采信有证据支持的供述。
- 法律适用：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，对于共同犯罪案件中部分被告人不认罪或者对适用简易程序有异议的，不适用简易程序审理。在普通程序中，法院将全面审查证据，听取控辩双方的意见，并根据法律规定作出判决。
可能的结果：
- 认罪者从轻处理：如果认罪的犯罪嫌疑人如实供述了自己的罪行，并且配合司法机关的调查工作，根据法律规定，他可能会获得从轻或减轻处罚的机会。这是基于认罪认罚从宽制度的考虑，旨在鼓励犯罪嫌疑人如实供述，提高司法效率。
- 不认罪者面临不利后果：对于拒不认罪的犯罪嫌疑人，如果其他证据足以证明其有罪，他将面临法律的制裁。同时，由于他的不认罪态度，可能会在量刑时受到一定的不利影响。因为不认罪可能被视为缺乏悔罪表现，从而影响法官的量刑判断。
- 共同犯罪的责任划分：在共同犯罪中，每个犯罪嫌疑人都应当对自己的行为负责。即使其中一人认罪而另一人不认罪，也不影响司法机关根据各自在犯罪中的作用和地位来划分责任。这意味着，不认罪并不会改变其在共同犯罪中的法律地位和责任。
法律建议：
- 对于认罪的犯罪嫌疑人，建议如实供述自己的罪行，并积极配合司法机关的调查工作，以争取从轻或减轻处罚的机会。
- 对于不认罪的犯罪嫌疑人，建议认真考虑自己的法律地位和证据情况，如果确实有罪，及时认罪可能有助于获得更轻的处罚。如果坚持无罪，则需要有充分的证据来支持自己的主张，并准备好接受司法机关的全面审查。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，司法机关在处理时会根据案件事实和法律规定进行综合判断。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。