结论：经审批有建房许可证的房屋因纠纷被政府强拆是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

1. 合法强拆的情形：

   • 程序合法：如果政府在强拆前已经依法履行了相关程序，如进行了合法的调查、取证，作出了合法的行政决定（如拆除决定），并依法送达给了房屋所有权人，且给予了合理的陈述、申辩和复议、诉讼等权利救济期限，同时在强拆时依法通知了房屋所有权人到场，并进行了合法的证据保全等，那么这种强拆行为是合法的。
   • 依据充分：政府强拆必须基于明确的法律依据，如房屋违反了城乡规划、土地管理等相关法律法规，且该违法行为已经过法定程序确认。在这种情况下，政府有权依法对违法建筑进行拆除。

2. 非法强拆的情形：

   • 程序违法：如果政府在强拆过程中未依法履行相关程序，如未进行合法的调查、取证，未作出合法的行政决定，或未依法送达相关法律文书，或未给予房屋所有权人合理的权利救济期限等，那么这种强拆行为是违法的。
   • 依据不足：如果政府强拆的依据不足，如房屋并未违反相关法律法规，或违法行为未经法定程序确认，那么政府无权对房屋进行拆除。此外，如果政府以非法定理由（如个人恩怨、利益输送等）进行强拆，也是违法的。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 历史遗留问题：对于一些历史遗留的房屋，如因历史原因未取得建房许可证但已长期存在且符合当时政策规定的房屋，政府在处理时应考虑其特殊性，不能简单地以违法建筑为由进行拆除。
   • 补偿与安置：即使房屋因违法需要被拆除，政府也应依法给予房屋所有权人合理的补偿和安置。如果政府未依法进行补偿和安置，那么强拆行为也可能被视为违法。

法律建议：

• 如果您认为政府的强拆行为违法，您可以首先尝试与政府相关部门进行沟通协商，要求其出示合法的强拆依据和程序文件。
• 如果沟通协商无果，您可以依法向上一级行政机关申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，建议您保留好相关证据，如建房许可证、政府强拆的通知、现场照片或视频等，以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果政府的强拆行为被确认违法，您有权要求政府恢复原状、赔偿损失或给予其他合理的补偿。
• 如果您因强拆行为遭受了人身伤害或财产损失，您还可以依法追究相关责任人的法律责任。

总之，经审批有建房许可证的房屋因纠纷被政府强拆是否合法，需根据具体情况判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。