能否在跟村干部签订的厂房内开超市，需分情况讨论，核心在于厂房的产权性质、土地用途及租赁合同约定，具体分析如下：

1. 若厂房产权属于村集体，且土地用途为工业用地
   根据《土地管理法》及《城乡规划法》，工业用地的用途具有严格限制，未经法定程序变更土地用途（如转为商业用地），擅自将厂房用于开超市可能构成违法。此时需重点审查：

   • 租赁合同是否明确约定厂房用途为“工业生产”，若约定排除商业用途，则开超市属于违约行为，村集体有权解除合同并要求赔偿；
     
   • 即使合同未明确限制用途，若厂房未通过规划变更、消防验收等程序，超市可能因不符合商业经营条件（如安全标准）被行政处罚（如罚款、停业整顿）。

2. 若厂房产权属于村集体，但土地用途已合法变更为商业用地
   若厂房所在土地已通过规划调整、补缴土地出让金等程序变更为商业用地，且租赁合同未禁止商业用途，则开超市具有合法性基础。但需注意：

   • 超市经营需办理营业执照、食品经营许可证（如涉及食品销售）、消防安全检查合格证等行政许可；
     
   • 若厂房结构不符合商业用途（如层高、承重、疏散通道等），需进行改造并重新通过消防、住建等部门验收。

3. 若厂房产权属于个人或企业，仅由村干部代为签订租赁合同
   需进一步核实：

   • 村干部是否获得产权人授权签订合同，若未授权，合同可能因无权代理而无效；
     
   • 即使合同有效，仍需审查产权人对土地用途的限制（如是否允许商业用途）及合同条款约定。

行动建议：

1. 立即核查厂房的《不动产权证书》或《集体土地使用证》，确认土地用途及产权归属；
   
2. 审查租赁合同条款，重点关注用途限制、违约责任等条款；
   
3. 若土地用途与经营需求不符，需向当地自然资源部门申请变更用途，或与村集体协商补充协议；
   
4. 办理超市所需行政许可时，确保厂房符合消防、环保等强制性标准。
   

风险提示：
若未经合法程序擅自改变土地用途或经营，可能面临：

• 行政处罚：自然资源部门可责令限期改正、罚款，甚至无偿收回土地；
  
• 合同纠纷：村集体或产权人可能以违约为由解除合同，要求赔偿损失；
  
• 经营风险：超市可能因证照不全被强制关停，造成投资损失。
  

如有进一步细节（如合同条款、土地性质等），可直接向我咨询，我将结合具体证据提供针对性方案。