若判决书是依据违法认定书作出，且违法认定书本身存在合法性、真实性或关联性等方面的问题，可通过上诉、申请再审等途径来寻求救济；若违法认定书合法有效，则需按判决书内容履行相应义务。具体分析如下：
一、违法认定书作为证据的合法性审查
- 证据资格：违法认定书作为行政机关或特定机构出具的文件，其作为证据使用需满足合法性要求。这包括出具机构的法定职权、认定程序的合法性、认定事实的依据是否充分等。若违法认定书存在程序违法、超越职权或事实认定不清等问题，其证据资格可能受到质疑。
- 审查方式：在诉讼过程中，当事人有权对违法认定书的合法性、真实性、关联性提出异议，并要求法院进行审查。法院将依据相关法律法规和司法解释，对违法认定书进行全面、客观的审查，以确定其是否可以作为定案的依据。
二、对基于违法认定书的判决书的处理方式
上诉：
- 理由：若当事人认为判决书是基于不合法的违法认定书作出的，可以在法定期限内向上一级人民法院提起上诉。在上诉过程中，当事人应详细阐述违法认定书存在的问题，以及这些问题如何影响了判决书的公正性和合法性。
- 效果：上诉法院将对原判决进行全面审查，包括违法认定书的合法性。若上诉法院认为违法认定书确实存在问题，且该问题影响了判决结果，将可能撤销原判决，发回重审或直接改判。
申请再审：
- 理由：若判决已经生效，但当事人发现违法认定书存在重大错误或新证据能够证明违法认定书的不合法性，可以向法院申请再审。在申请再审时，当事人需提供充分的证据证明违法认定书的问题，以及这些问题对判决结果的影响。
- 效果：法院将对再审申请进行审查，若认为符合再审条件，将裁定再审。在再审过程中，法院将重新审查违法认定书的合法性，并据此对原判决进行改判或维持。
履行或执行中的异议：
- 履行阶段：若判决已经生效且进入履行阶段，但当事人认为违法认定书存在问题，可以在履行过程中提出异议。然而，此时异议的提出通常不影响判决的履行，但可以作为后续申诉或申请再审的依据。
- 执行阶段：在执行过程中，若当事人认为执行依据（即判决书）是基于不合法的违法认定书作出的，可以向执行法院提出执行异议。执行法院将对异议进行审查，并据此决定是否中止执行或采取其他措施。
三、建议与注意事项
- 及时行动：若当事人认为违法认定书存在问题，应及时采取行动，以免错过上诉或申请再审的法定期限。
- 充分准备：在提出上诉、申请再审或执行异议时，当事人应充分准备相关证据和材料，以证明违法认定书的问题及其对判决结果的影响。
- 寻求专业帮助：由于法律程序复杂且专业性强，建议当事人在处理此类问题时寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。