车间曾被入侵，建议从以下方面处理：
立即保护现场并报警
发现车间被入侵后，第一时间保护现场，避免破坏可能存在的指纹、脚印、监控录像等证据。同时立即向公安机关报案，详细说明入侵时间、方式、损失情况等，配合警方调查取证。若入侵行为涉及盗窃、破坏财物或人身伤害，警方立案后将依法追究侵权人责任。
全面排查安全隐患
对车间进行安全检查，重点排查入侵路径（如门窗是否被破坏、监控是否被遮挡、报警系统是否失效等），修复漏洞并升级安防措施（如加装摄像头、门禁系统、红外感应装置等）。若入侵者通过技术手段（如破解密码、干扰信号）进入，需联系专业机构检测系统安全性，防止二次入侵。
评估损失并固定证据
清点车间内财物损失（如设备、原材料、产品等），拍摄现场照片、视频，保留购买凭证、维修记录等证明材料。若涉及商业秘密泄露（如技术图纸、客户信息被窃取），需立即采取保密措施（如修改密码、通知相关方），并咨询律师是否需通过法律途径追究责任。
审查内部管理责任
若入侵因内部人员疏忽（如未锁门、泄露密码）或串通导致，需根据企业规章制度追究相关人员责任（如警告、赔偿、解雇等）。若涉及员工违法犯罪（如内外勾结盗窃），企业可向公安机关报案，并依据《劳动合同法》解除劳动合同。
法律维权与索赔
根据损失情况，可向侵权人提起民事诉讼，要求赔偿财物损失、停产损失等。若入侵行为构成犯罪（如盗窃罪、破坏生产经营罪），可依法提起刑事附带民事诉讼，要求退赔损失。建议委托律师协助调查取证、计算损失、起草法律文书，提高维权效率。
后续建议：
若有具体细节（如入侵方式、损失金额、是否涉及人身伤害等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。