小包工头从农民工工资里扣取费用属于违法行为，农民工有权拒绝并采取相应措施维护自身权益。以下从不同角度为你详细分析：
从法律规定角度
根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工有获得足额劳动报酬的权利，用人单位或者个人（包括小包工头）应当按照劳动合同约定或者国家规定，向农民工及时足额支付工资，不得克扣或者无故拖欠农民工工资。小包工头从农民工工资里扣取费用，明显违反了这一规定。
农民工可采取的应对措施
- 与小包工头协商
- 农民工可以先尝试与小包工头进行友好沟通，明确指出其扣取工资费用的行为是违法的，要求其立即停止这种行为，并足额支付被扣的工资。在协商过程中，要注意保留好相关的沟通记录，比如聊天记录、通话录音等，以备后续维权使用。
- 向劳动监察部门投诉
- 如果与小包工头协商无果，农民工可以向当地劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门有权对用人单位或者个人的工资支付情况进行监督检查，对于克扣农民工工资的违法行为，会责令其限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
- 投诉时，农民工需要提供相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、与小包工头的沟通记录等，以证明自己的工资被克扣的事实。
- 申请劳动仲裁
- 农民工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是一种解决劳动争议的法定方式，具有较高的权威性和公正性。在申请劳动仲裁时，农民工需要提交仲裁申请书，并附上相关的证据材料。仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述，进行审理并作出裁决。如果小包工头不履行仲裁裁决，农民工可以向人民法院申请强制执行。
- 提起诉讼
- 如果对劳动仲裁结果不满意，农民工还可以在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，农民工需要提供充分的证据来支持自己的诉讼请求，法院会根据事实和法律规定作出判决。
特殊情况说明
如果小包工头扣取费用是基于一些合理的、有法律依据的事由，比如农民工因个人原因给小包工头造成了经济损失，且双方在劳动合同中有明确约定可以从工资中扣除相应赔偿费用，但扣除的比例和金额也必须符合法律规定。根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。不过，即便在这种情况下，小包工头也需要提供充分的证据证明农民工造成了经济损失以及损失的具体金额。
如果你遇到了小包工头克扣工资的情况，可以按照上述方法维护自己的权益，要是还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。