在建设工程施工合同无效且工程量、单价均不明确的情况下，通常需要对工程款进行司法鉴定。以下是对此问题的详细分析：
一、合同无效但工程验收合格的情况
工程款认定原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。然而，当合同无效且工程量、单价均不明确时，直接参照合同约定可能无法实现，此时司法鉴定成为确定工程款的重要手段。
司法鉴定的必要性：
- 司法鉴定能够依据专业的计价规范和市场行情，对工程量、单价进行客观、公正的评估，从而为工程款的认定提供科学依据。这有助于确保双方当事人的合法权益得到公平保护，避免因合同无效和条款不明确而引发的纠纷。
二、合同无效且工程验收不合格的情况
修复与鉴定：
- 若工程经竣工验收不合格，但经过修复后能够通过验收，发包人可以请求承包人承担修复费用。此时，若双方对修复费用或工程质量存在争议，同样可以申请司法鉴定以明确责任和义务。
无法修复的后果：
- 如果修复后的工程仍然无法通过验收，承包人请求支付工程价款的，法院通常不予支持。然而，在此情况下，若双方对已完成的工程量或单价存在争议，司法鉴定仍然可以作为解决争议的途径之一，尽管其意义可能相对有限。
三、申请司法鉴定的流程与注意事项
申请流程：
- 提出申请：在举证期限内，向受诉人民法院提交书面司法鉴定申请书，明确鉴定事项、范围、目的及理由。
- 选择鉴定机构：双方可协商确定具备资质的鉴定机构；协商不成时，由人民法院指定。
- 提交鉴定材料：按鉴定机构要求，及时、完整提交相关材料，如施工合同、图纸、变更签证、进度报表、采购发票等。
- 鉴定过程：配合鉴定机构工作，如实提供信息。鉴定机构将审查材料，可能进行现场勘查、测量。
- 出具鉴定报告：鉴定报告包含鉴定依据、方法、过程和结论。对报告有异议者，可在规定期限内提出书面异议。
注意事项：
- 注意申请时间：务必在举证期限内提出鉴定申请，否则可能面临法院不予准许的风险。
- 鉴定费用：申请鉴定需预付费用，一般由申请人垫付，最终由败诉方承担。申请前应考虑费用负担问题。
- 优先尝试协商：在申请司法鉴定前，建议双方先尝试友好协商解决争议，以节省时间和成本。
四、实际操作建议
- 选择专业鉴定机构：在选择鉴定机构时，应重点考察其专业资质、经验和信誉，以确保鉴定结果的公正性和准确性。
- 积极配合鉴定工作：当事人应积极配合鉴定机构的工作，及时提供所需材料和信息，以提高鉴定效率。
- 认真审阅鉴定报告：对鉴定报告应认真审阅，如有异议应及时提出，并充分行使自己的法律权利。
总结来说，在建设工程施工合同无效且工程量、单价均不明确的情况下，司法鉴定是确定工程款的有效途径。通过专业、客观的评估，可以为双方当事人提供一个公平、合理的解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。