结论：强制执行企业法人的执行款程序时，若相关主体被列入负有协助责任人，是有法律依据的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十九条：“被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。人民法院查询、扣押、冻结、划拨、变价的财产不得超出被执行人应当履行义务的范围。人民法院决定扣押、冻结、划拨、变价财产，应当作出裁定，并发出协助执行通知书，有关单位必须办理。”
- 这一条款明确规定了人民法院在执行过程中，有权要求有关单位（即负有协助责任人）协助执行，包括扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。若企业法人作为被执行人，其财产所在的相关单位（如银行、证券公司等）就可能被列为负有协助责任人。
其他相关法律法规：
- 除了《中华人民共和国民事诉讼法》外，还有其他一些法律法规也涉及到了协助执行的问题，如《税收征收管理法》、《证券法》等，这些法律法规在特定情况下也可能规定某些主体负有协助执行的义务。
二、负有协助责任人的认定
协助执行的范围：
- 负有协助责任人通常指的是那些掌握、控制或管理着被执行人财产的单位或个人。在强制执行企业法人的执行款程序中，这些单位或个人可能包括银行、证券公司、其他金融机构、不动产登记机构等。
协助执行的义务：
- 一旦被认定为负有协助责任人，相关单位或个人就有义务按照人民法院的协助执行通知书要求，协助执行被执行人的财产。这包括提供财产信息、冻结财产、划拨财产等。
三、法律后果
不履行协助执行义务的后果：
- 如果负有协助责任人拒绝或妨碍人民法院的协助执行工作，人民法院可以根据情节轻重予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。同时，人民法院还可以向有关机关提出对其予以纪律处分的司法建议。
对被执行人的影响：
- 对于被执行的企业法人而言，如果其财产被依法强制执行，将直接影响其经营状况和偿债能力。因此，企业法人应积极履行法律文书确定的义务，避免被强制执行。
四、实际操作建议
对于人民法院：
- 在强制执行企业法人的执行款程序中，人民法院应严格依法行使职权，确保协助执行通知书的合法性和有效性。同时，人民法院还应加强对负有协助责任人的监督和管理，确保其依法履行协助执行义务。
对于负有协助责任人：
- 相关单位或个人在收到人民法院的协助执行通知书后，应认真审查通知书的合法性和有效性，并按照通知书要求依法履行协助执行义务。如有异议或困难，应及时向人民法院提出并说明情况。
对于被执行企业法人：
- 企业法人应积极履行法律文书确定的义务，避免被强制执行。如确实无法履行义务，应主动与债权人协商解决方案，并寻求法律援助以维护自身合法权益。
总结：强制执行企业法人的执行款程序时，若相关主体被列入负有协助责任人，是有明确的法律依据的。人民法院、负有协助责任人以及被执行企业法人都应依法行事，确保执行程序的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。