农民专业合作社在人行系统开户时应选择企业法人。以下是具体分析：

1. 法律地位角度：

   • 根据《中华人民共和国农民专业合作社法》的相关规定，农民专业合作社是依法登记的法人组织，具有独立的法律地位。这意味着它享有与一般企业法人相似的权利和义务，包括开设银行账户、签订合同、承担民事责任等。
   • 非法人企业则通常指的是不具备法人资格的经济组织，如个人独资企业、合伙企业等。这些组织在法律上不具备独立的民事主体资格，其民事责任由出资人或合伙人承担。

2. 开户要求角度：

   • 银行在为企业开户时，通常会要求提供企业的营业执照、组织机构代码证、税务登记证等相关证件。对于农民专业合作社而言，由于其是法人组织，因此可以提供相应的法人证件进行开户。
   • 如果选择非法人企业开户，则可能因无法提供完整的法人证件而面临开户困难或无法享受某些金融服务的问题。

3. 责任承担角度：

   • 作为法人组织，农民专业合作社以其全部财产对债务承担责任，出资人或成员以其出资额或章程约定的其他方式承担有限责任。这种责任承担方式有助于保护出资人或成员的个人财产安全。
   • 如果选择非法人企业开户，则出资人或合伙人可能需要承担无限连带责任，这增加了个人财产的风险。