针对您提出的问题，即个人拥有民办非企业证书但医疗许可是盈利性的情况，这确实涉及到了民办非企业单位与医疗机构性质之间的差异和协调问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确民办非企业单位与盈利性医疗机构在性质上的根本区别。民办非企业单位，根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》，通常指的是企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。而盈利性医疗机构，则是以提供医疗服务并获取利润为主要目的的机构。

现在，针对您的情况，我建议采取以下步骤：

1. 审查证书与许可：

   • 仔细审查您的民办非企业证书，确认其登记的性质是否确实为非营利性。
   • 同时，确认您的医疗许可证是否明确标注为盈利性。

2. 了解法规要求：

   • 根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》和《医疗机构管理条例》，非营利性医疗机构在取得《医疗机构执业许可证》后，应当依法到民政部门进行民办非企业单位登记。但这一规定主要针对的是非营利性医疗机构。
   • 如果您的医疗机构实际上是盈利性的，那么它可能并不符合民办非企业单位的登记条件，因为民办非企业单位通常是非营利性的。

3. 考虑转型或重新登记：

   • 如果您的医疗机构确实希望保持盈利性，那么您可能需要考虑将其转型为符合盈利性医疗机构登记条件的企业形式，如有限责任公司等，并按照相关法律法规进行企业登记和税务登记。
   • 如果您希望保持民办非企业单位的身份，那么您可能需要调整医疗机构的运营模式，使其符合非营利性的要求，并重新进行民办非企业单位的登记。

4. 咨询相关部门：

   • 在做出任何决定之前，我强烈建议您咨询当地的民政部门和卫生行政部门，了解具体的登记要求和转型流程。
   • 他们可以根据您的具体情况提供个性化的指导和建议，帮助您做出最合适的决策。

5. 注意合规性：

   • 无论您选择哪种路径，都请确保您的医疗机构在运营过程中严格遵守相关法律法规，包括税务、财务、医疗质量等方面的规定。
   • 避免因为违规操作而面临法律风险和行政处罚。

最后，我想强调的是，民办非企业单位与盈利性医疗机构在性质、运营模式和监管要求等方面都存在显著差异。因此，在做出决策之前，请务必充分了解相关法律法规和政策要求，并咨询专业人士的意见。希望这些建议能对您有所帮助。