结论：是否需要偿还班组长写的借款协议，取决于该协议的性质、目的以及实际资金流向等多个因素。以下从不同角度进行分析：

1. 若借款协议实为工资支付的变通方式：

   • 法律背景：在实际操作中，有时为了规避某些管理规定或简化流程，班组长可能会以借款协议的形式向农民工支付工资。如果这种借款协议实际上是对农民工应得工资的确认和支付承诺，且双方均明确其真实意图并非真正的借贷关系，那么该协议在法律上可能被视为工资支付的一种变通方式。
   • 法律建议：在此情况下，农民工无需按照借款协议的约定偿还“借款”，因为这并非真正的借贷行为。如果班组长或总包单位以此为由要求偿还，农民工可以提供相关证据（如工资单、工作记录、聊天记录等）证明该协议实为工资支付，并拒绝偿还。

2. 若借款协议为真实的借贷关系：

   • 法律背景：如果借款协议是双方真实意思的表示，且农民工确实从班组长处获得了资金，同时双方约定了还款期限、利息等借贷条款，那么该协议在法律上构成有效的借贷合同。
   • 法律建议：在此情况下，农民工需要按照借款协议的约定偿还借款。如果未能按时偿还，班组长有权依据协议要求农民工承担违约责任，包括但不限于支付逾期利息、违约金等。

3. 若借款协议存在欺诈、胁迫等情形：

   • 法律背景：如果借款协议是在欺诈、胁迫等情形下签订的，那么该协议在法律上可能被视为无效或可撤销。
   • 法律建议：农民工在此情况下可以向法院或仲裁机构申请撤销该协议，并无需承担偿还责任。但需要注意的是，农民工需要提供充分的证据证明存在欺诈、胁迫等情形。

4. 关于总包兜底的责任：

   • 法律背景：在农民工工资支付问题上，总包单位通常承担兜底责任。这意味着，如果班组长未能按时足额支付农民工工资，总包单位有义务进行垫付。然而，这一责任并不直接涉及借款协议的偿还问题。
   • 法律建议：如果农民工因借款协议问题面临偿还压力，且该协议与工资支付无关，那么总包单位的兜底责任可能并不适用。但农民工仍可以向总包单位反映情况，寻求帮助或协调解决。

进一步思考：在处理此类问题时，农民工应保留好所有与借款协议、工资支付相关的证据，以便在需要时证明自己的权益。同时，如果面临复杂的法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师（即我本人，沈泽宇律师，专注于合同纠纷、公司事务、婚姻家庭、劳动纠纷领域），以获取更具体、更专业的法律建议。