工伤赔偿的最终支付部门主要取决于赔偿项目的性质和用人单位是否参加工伤保险，具体分为以下两种情况：
一、工伤保险基金支付部分（由社会保险经办机构负责）
若用人单位依法为职工缴纳了工伤保险，以下费用由工伤保险基金支付，具体流程如下：
- 责任部门：社会保险经办机构（一般隶属于当地人社部门）
- 支付内容：
- 医疗费用：治疗工伤所需的符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录、住院服务标准的费用；
- 康复费用：到签订服务协议的医疗机构进行工伤康复的费用；
- 辅助器具费用：安装配置伤残辅助器具所需费用；
- 住院伙食补助费、交通食宿费：到统筹地区以外就医的交通食宿费用；
- 伤残待遇：包括一次性伤残补助金、伤残津贴（一至四级伤残）、生活护理费等；
- 工亡待遇：包括丧葬补助金、供养亲属抚恤金、一次性工亡补助金。
- 支付条件：职工需完成工伤认定和劳动能力鉴定，且用人单位已依法缴纳工伤保险。
二、用人单位支付部分
无论用人单位是否参加工伤保险，以下费用均由用人单位承担：
- 停工留薪期工资：职工因工伤需要暂停工作接受治疗的期间，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付；
- 伤残就业补助金：五级、六级伤残职工本人提出与用人单位解除或终止劳动关系时，以及七级至十级伤残职工劳动合同期满终止或本人提出解除劳动合同时，由用人单位支付一次性伤残就业补助金；
- 未参保情况下的全部费用：若用人单位未依法缴纳工伤保险，所有工伤赔偿费用（包括本应由工伤保险基金支付的部分）均由用人单位承担。
三、特殊情形：争议解决部门
若工伤职工与用人单位就赔偿问题产生争议，可通过以下途径解决：
- 劳动仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，该委员会由劳动行政部门代表、工会代表和企业方面代表组成，负责公正裁决劳动争议；
- 诉讼：若对劳动仲裁裁决不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，由人民法院根据事实和法律作出最终判决。
建议：
- 保留证据：职工应妥善保管医疗记录、工伤认定决定书、劳动能力鉴定书、工资单等证据材料，以证明自己的主张并顺利获得赔偿；
- 及时申请：用人单位应在事故伤害发生或被诊断为职业病之日起30日内提出工伤认定申请，若未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在1年内直接提出申请；
- 咨询专业：在处理工伤赔偿问题时，若遇到复杂情况或争议，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。
法律依据：
- 《工伤保险条例》第十七条、第三十条、第三十三条、第三十六条、第三十七条、第六十二条；
- 《劳动争议调解仲裁法》第五条。