刑事立案后检察院做了不诉的处理，对公司经营的影响可以从以下几个方面来分析：
法律层面的直接影响：
- 无罪认定效果：检察院作出不起诉决定，意味着在法律上，公司或相关责任人未被认定构成犯罪。这避免了公司因刑事犯罪记录而可能面临的更严厉的法律制裁，如吊销营业执照、限制高消费等，从而为公司经营提供了一个相对稳定的法律环境。
- 声誉保护：不起诉决定有助于维护公司的商业声誉。在商业合作中，合作伙伴往往更倾向于与无犯罪记录的公司合作，以降低合作风险。因此，不起诉决定有助于公司保持或恢复其市场信誉，促进业务的正常开展。
经营层面的间接影响：
- 业务恢复与拓展：随着法律风险的降低，公司可以更加专注于业务的恢复与拓展。不起诉决定为公司提供了一个重新出发的机会，使其能够摆脱刑事案件的阴影，积极寻求新的市场机会和合作伙伴。
- 融资与信贷：在金融领域，公司的信用状况是融资和信贷审批的重要考量因素。不起诉决定有助于改善公司的信用状况，提高其在金融机构眼中的信誉度，从而更容易获得融资和信贷支持，为公司的经营和发展提供资金保障。
- 内部管理优化：刑事案件的发生往往暴露出公司在内部管理方面存在的问题。不起诉决定为公司提供了一个反思和改进的机会，促使其加强内部管理，完善规章制度，提高风险防范能力，从而为公司长期稳定发展奠定坚实基础。
潜在风险与应对：
- 民事赔偿风险：虽然检察院作出了不起诉决定，但公司仍可能面临民事赔偿的风险。如果刑事案件涉及民事纠纷，如合同违约、侵权等，受害方可能会通过民事诉讼途径要求公司承担赔偿责任。因此，公司需要做好应对民事赔偿的准备，包括评估赔偿风险、制定应对策略等。
- 监管关注与合规要求：不起诉决定并不意味着公司可以完全摆脱监管机构的关注。监管机构可能会对公司进行更加严格的监管和审查，以确保其合规经营。因此，公司需要加强与监管机构的沟通与合作，积极履行合规义务，避免再次陷入法律风险。
建议：
- 及时公告与解释：公司应及时向内部员工、合作伙伴及公众公告不起诉决定，并解释相关情况，以消除误解和疑虑，维护公司形象。
- 加强内部管理：公司应借此机会加强内部管理，完善规章制度，提高风险防范能力，确保公司合规经营。
- 寻求专业法律支持：在处理民事赔偿等后续事宜时，公司应寻求专业律师的支持，以确保自身权益得到充分保护。
如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。