个人土地分割协议一般没有强制要求必须由付费单位存档保管，但根据不同情况，存档保管的方式和必要性有所不同，具体如下：

1. 协议双方自行保管
   个人土地分割协议本质上是民事主体之间就土地权益分配达成的约定，属于民事合同范畴。根据《民法典》相关规定，只要协议内容合法、双方签字（或盖章）确认，即具有法律效力，无需强制由第三方单位存档。实践中，双方可自行留存协议原件，并建议各自保留复印件或扫描件以备查。

2. 涉及土地权属变更时的存档要求
   若土地分割协议需办理土地权属变更登记（如分割后办理新的土地使用权证），根据《土地管理法》及《不动产登记暂行条例》，需向不动产登记机构提交协议原件作为登记材料。此时，登记机构会留存协议复印件或扫描件，但这一过程通常不涉及“付费单位存档”，而是行政机关的法定职责。

3. 公证或第三方见证的存档
   若双方为增强协议效力，选择办理公证或通过律师事务所、调解组织等第三方见证，公证机构或见证单位会留存协议原件或副本，并出具公证书或见证文书。此类存档通常需支付一定费用（如公证费），但属于自愿选择，非强制要求。

4. 特殊场景下的存档建议

   • 农村土地分割：若涉及农村集体土地，建议将协议副本交村委会或乡镇土地管理部门备案，以便后续土地管理或纠纷处理。
     
   • 家族内部分割：为避免未来争议，可由家族长辈或中立第三方保管协议原件，或通过银行保管箱等安全方式存证。
     

温馨提示：无论选择何种存档方式，均需确保协议内容明确、无歧义，并由双方签字确认。若涉及复杂权属关系或大额利益，建议提前咨询专业律师，对协议进行法律审查，以降低风险。如有进一步疑问，可直接向我提问。