核心结论：在固定单价合同施工中签订固定总价合同，诉讼中扣除未做项目时，结算时间的确定需分情况讨论，主要有以下两种情况。
- 若固定总价合同明确约定了结算时间
- 依据合同约定处理：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当固定总价合同中已经清晰、明确地约定了结算时间，那么在诉讼中扣除未做项目后，原则上应按照该合同约定的结算时间来确定最终的结算时间。例如，合同约定在工程竣工验收合格后30日内进行结算，即便在施工过程中有项目未做，只要不影响整体工程的竣工验收（或者双方对未做项目不影响竣工验收达成一致），就应按照此约定时间进行结算。
- 特殊情况调整：如果未做项目对工程进度产生了重大影响，导致原约定的结算时间明显不合理，比如因为大量关键项目未做，工程实际竣工时间比原计划大幅推迟，此时双方可以协商对结算时间进行调整。若协商不成，根据《民法典》第五百三十三条规定，合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。人民法院或者仲裁机构可以结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同，进而对结算时间作出合理判定。
- 若固定总价合同未明确约定结算时间
- 参照行业惯例和交易习惯：在建筑行业，通常有一定的结算惯例。例如，对于一些中小型工程，可能在工程交付使用后一定期限内进行结算；对于大型工程，可能会在工程竣工验收合格后，经过一定的审计周期进行结算。如果双方没有明确约定结算时间，可以参照这些行业惯例和双方以往的交易习惯来确定结算时间。但需要注意的是，行业惯例和交易习惯应当是合理、合法且被双方所知晓和认可的。
- 根据法律规定确定：根据《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。如果既无法参照行业惯例和交易习惯，也无法通过协商达成补充协议，那么可以根据工程实际完成情况、交付情况等因素，结合公平原则和诚实信用原则来确定一个合理的结算时间。例如，如果工程已经实际交付使用，且双方对工程质量等无争议，只是存在未做项目的扣除问题，那么可以以工程交付使用之日为起点，合理确定一个结算期限，如3 - 6个月内完成结算。
在处理此类纠纷时，还需要收集和保留好相关的证据，如合同文本、施工记录、变更通知、验收报告等，以便在诉讼中能够充分证明自己的主张。如果你还有其他关于合同纠纷方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。