结论：科室一般无权直接因护士打架进行绩效考核扣款，但需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从绩效考核制度合法性角度
   • 制度制定程序需合法：科室若要对护士进行绩效考核扣款，必须有合法有效的绩效考核制度作为依据。该制度应当经过民主程序制定，比如与职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果科室自行制定的绩效考核制度没有遵循这样的法定程序，那么依据该制度进行的扣款行为可能因制度本身不合法而不具有法律效力。
   • 制度内容需明确合理：绩效考核制度中应当明确规定何种行为属于违反考核标准以及相应的扣款标准和方式。对于“打架”这种行为，制度中需要有清晰明确的界定，并且扣款的金额和方式要合理，不能显失公平。例如，不能因为一次轻微的打架行为就扣除护士大量的绩效奖金，否则可能被认定为不合理。
2. 从打架行为性质角度
   • 违反医院规章制度：护士打架通常违反了医院的规章制度，医院有权依据规章制度对其进行相应的处理。如果规章制度中明确规定了打架行为属于严重违反纪律的行为，并且可以采取绩效考核扣款等处罚措施，那么科室在符合制度规定的情况下可以进行扣款。但同样，规章制度也必须合法有效，且处理程序要合法。
   • 涉及违法犯罪情况：如果护士的打架行为情节严重，构成违法犯罪，如故意伤害他人身体达到一定伤害程度等，那么除了医院内部的纪律处分和绩效考核扣款外，护士还可能面临公安机关的行政处罚或者司法机关的刑事处罚。在这种情况下，医院进行绩效考核扣款也需要遵循合法合理的原则，不能随意加重处罚。
3. 从劳动法律关系角度
   • 用人单位权利限制：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位对劳动者进行处罚（包括绩效考核扣款）应当遵循合法、合理、公平的原则，并且不能损害劳动者的合法权益。科室作为医院的一个部门，并非独立的用人单位，一般不能直接以自己的名义对护士进行绩效考核扣款。通常是由医院作为用人单位，依据合法的规章制度和程序对护士进行处理。
   • 劳动者申诉权利：如果护士认为科室的绩效考核扣款行为不合法、不合理，有权向医院的上级管理部门或者劳动争议调解仲裁机构提出申诉或者申请仲裁，维护自己的合法权益。

建议：如果科室遇到护士打架的情况，应当及时报告医院的相关管理部门，由医院按照合法有效的规章制度和程序进行处理。同时，在制定和执行绩效考核制度时，要确保制度的合法性和合理性，充分保障护士的合法权益。如果护士对绩效考核扣款有异议，也可以通过合法途径维护自己的权益。