若被告在法院指定的3天期限内未提交反诉状，法院通常会视为其放弃反诉请求，继续审理原诉案件。具体分析如下：

1. 反诉的提出与期限
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，被告若需提出反诉，应在法庭辩论终结前提出，并需提交书面反诉状。法院为保障诉讼效率，可能指定合理期限（如3天）要求被告提交反诉状。此期限是法院根据案件情况灵活设定的，旨在推动诉讼程序有序进行。

2. 未提交反诉状的法律后果

   • 视为放弃反诉：若被告在指定期限内未提交反诉状，且未向法院说明合理理由（如不可抗力、意外事件等），法院一般不再受理其反诉请求，反诉程序终止。
     
   • 原诉继续审理：法院将聚焦原告诉求，按原定程序完成庭审、判决等环节，被告的反诉主张不会纳入本案审理范围。
     
   • 例外情形：若被告在期限届满后补充提交反诉状，且法院认为未严重拖延诉讼（如反诉与原诉关联紧密、证据充分等），可能酌情准许；但若已造成程序重大延误，法院有权驳回。

3. 实务建议

   • 被告角度：若需反诉，应提前准备反诉状及相关证据，避免因期限问题丧失权利；若因客观原因无法按时提交，需立即向法院申请延期并说明理由。
     
   • 原告角度：若被告提出反诉，需评估反诉对己方的影响，及时调整诉讼策略（如补充证据、提出管辖权异议等）；若被告未提交反诉状，可要求法院加快原诉审理进程。
     
   • 法院角度：法院应明确告知被告反诉的期限及逾期后果，确保程序公正；若被告逾期提交，需结合案件情况综合判断是否准许，避免机械适用规则损害当事人权益。

总结：被告未在法院指定期限内提交反诉状，通常意味着放弃反诉权利，法院将继续审理原诉。但具体处理需结合案件实际情况，建议当事人根据诉讼角色采取相应策略，必要时委托律师协助处理程序性事务。