违规购买公有住房的违纪所得计算，是一个涉及多方面因素和法律规定的问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、违纪所得的定义与范围
首先，我们需要明确“违纪所得”的定义。在此情境下，违纪所得指的是通过违反相关规定或法律法规而获得的利益，特别是与违规购买公有住房相关的利益。这包括但不限于通过不正当手段获得的购房资格、低价购房的差额、以及因违规购房而获得的房产增值等。
二、计算违纪所得的方法
直接计算法：
- 如果违规购房是通过支付低于市场价的金额获得的，那么违纪所得可以直接计算为市场价与实际支付价之间的差额。
- 如果违规购房涉及了不正当的购房资格或优惠，那么违纪所得可以计算为因这些不正当手段而获得的利益，如节省的税费、购房款等。
间接计算法：
- 在某些情况下，违规购房可能导致了房产的增值。这时，违纪所得可以计算为房产的增值部分，但需要考虑增值是否完全由违规购房行为导致。
- 如果违规购房行为涉及了其他不正当利益，如租金收入、转售利润等，这些也应计入违纪所得。
综合计算法：
- 在实际操作中，可能需要综合考虑直接和间接因素来计算违纪所得。例如，既考虑购房差价，又考虑因违规购房而获得的房产增值和其他不正当利益。
三、处理违纪所得的原则与程序
依法处理：
- 违纪所得的处理必须严格遵循相关法律法规和纪律规定。这包括了对违纪所得的追缴、没收、拍卖等处置方式。
公正公平：
- 在处理违纪所得时，应确保公正公平，保护相关利害关系人的合法权益。例如，如果房产已被转让给善意第三人，且第三人支付了合理对价并办理了产权登记手续，那么第三人的权益应受到保护。
程序规范：
- 处理违纪所得应遵循规范的程序，包括调查取证、认定违纪事实、计算违纪所得、作出处理决定等环节。这些环节都应严格按照法律法规和纪律规定进行。
四、特殊情况的考虑
- 房产增值的处理：如果房产在购买后发生了增值，那么增值部分的处理需要根据具体情况来确定。如果增值完全是由市场因素导致的，那么可能不计入违纪所得；但如果增值与违规购房行为有直接关系，那么增值部分应计入违纪所得。
- 善意第三人的保护：在处理违规购买的公有住房时，应特别注意保护善意第三人的合法权益。如果第三人是在不知情的情况下购买了该房产，并且支付了合理对价并办理了产权登记手续，那么其权益应受到法律的保护。
综上所述，违规购买公有住房的违纪所得计算是一个复杂而细致的问题。在计算过程中，需要综合考虑多种因素和法律规定，确保处理的公正性和合法性。同时，也需要特别注意保护相关利害关系人的合法权益。