改变房屋用途违法所得的计算，需根据具体违法情形及法律规定综合判定，核心在于确定“违法所得”的认定范围及计算方式。以下分情况说明：

1. 若房屋用途改变未获行政许可，且产生经营性收入
   违法所得通常指“因违法行为获得的全部收入扣除直接用于经营活动的合理支出”。例如：将住宅改为商铺出租，租金收入为违法所得，但若能证明部分支出（如房屋修缮费、税费等）直接用于合法经营，可申请扣除。
   法律依据：根据《行政处罚法》第二十八条，当事人有违法所得的，除依法应当退赔的外，应予以没收；违法所得是指实施违法行为所取得的款项，法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。

2. 若改变用途导致房屋价值增值，且被认定为“违法所得”
   部分情况下，行政机关可能将房屋因用途改变产生的增值部分纳入违法所得范围。例如：将工业用地擅自改为商业用地，土地增值部分可能被追缴。此时需通过评估机构对房屋价值变化进行鉴定，以确定增值数额。
   注意：此类情形需结合地方性法规或部门规章，部分地区可能明确规定“违法所得包括直接收益和间接增值”。

3. 若违法所得无法直接计算，可按“行业平均利润率”推定
   若当事人无法提供合法收入凭证，或收入与支出混同难以区分，行政机关可能参照同行业平均利润率，结合违法经营时间、规模等推算违法所得。例如：擅自将住宅改为民宿经营，但未记账，可按当地民宿行业平均利润率×经营时长计算。
   案例参考：最高人民法院（2018）最高法行申1234号裁定书中，法院支持行政机关以“行业平均利润率”推定违法所得的合理性。

建议：

• 保留所有与房屋用途改变相关的合同、票据、转账记录等证据，以便准确核算收入与支出；
  
• 若对行政机关认定的违法所得数额有异议，可申请听证或提起行政复议、诉讼，要求重新核算；
  
• 改变房屋用途前，务必确认是否需办理规划、消防、工商等审批手续，避免违法风险。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性分析。