结论：针对邻居未批建且占用您三公分地基的情况，您可以通过与邻居协商、向村委会或乡镇政府相关部门反映、申请调解或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。
详细分析：
与邻居协商：
- 首先，您可以尝试与邻居进行友好协商，明确指出其未批建且占用您地基的行为是不合法的，并要求其停止侵权行为，恢复原状或给予相应的补偿。
- 协商过程中，您可以保留好相关证据，如现场照片、视频等，以备后续需要。
向村委会或乡镇政府相关部门反映：
- 如果协商无果，您可以向所在村委会或乡镇政府的土地管理部门、建设规划部门等相关部门反映情况。
- 这些部门有权对农村土地和宅基地的使用进行监管，并可以依法对邻居的违法行为进行制止和处罚。
申请调解：
- 您还可以向当地的调解委员会或人民调解组织申请调解。
- 调解委员会或人民调解组织会组织双方进行调解，尝试达成和解协议，解决纠纷。
提起诉讼：
- 如果上述途径均无法解决问题，您可以考虑向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明邻居的侵权行为以及您因此遭受的损失。
- 法院将根据事实和法律规定，判决邻居承担相应的法律责任，如停止侵权、恢复原状、赔偿损失等。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 同时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。邻居的行为显然违反了这一原则，侵犯了您的合法权益。
建议：
- 在处理此类纠纷时，建议您保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语冲突。
- 同时，及时收集并保留好相关证据，以便在协商、调解或诉讼过程中维护自己的合法权益。
- 如果您对法律程序或相关法律规定不熟悉，可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。