核心结论：针对桩基被邻居侵占多年且以前文书丢失的情况，可通过收集证据、协商、申请调解、提起诉讼等途径解决，以下为你详细阐述。
收集证据
- 寻找其他书面证据：尽管以前的文书丢失，但可以仔细回忆是否有其他相关的书面材料。比如，曾经与邻居就桩基问题沟通的信件、短信、邮件等，这些书面交流记录可能包含关于桩基归属、使用情况等关键信息，能够作为证明你对桩基拥有权利的证据。
- 收集证人证言：寻找了解桩基情况的证人，如曾经的邻居、村里的老人、参与过桩基建设或相关事务处理的人员等。他们的证言可以从侧面证明桩基的历史归属和使用情况，增强你主张权利的可信度。
- 收集物证：查看桩基现场是否有能表明其归属的标志或物品，例如桩基上是否有你曾经留下的特定标记、与桩基相关的建设材料购买凭证（如果能找到的话）等，这些物证也可以辅助证明你对桩基的权利。
- 申请政府相关部门出具证明：向当地的土地管理部门、村委会等机构咨询，看是否能根据历史档案、登记信息等出具相关证明，证明桩基的归属情况。这些部门通常保存有土地、房产等方面的历史资料，有可能为你提供有力的证据支持。
与邻居协商
- 主动沟通：在收集到一定证据后，主动与邻居进行友好、平和的沟通。向邻居说明你对桩基的权利依据以及你希望解决问题的意愿，尝试通过协商达成一个双方都能接受的解决方案，例如邻居归还侵占的桩基部分，或者给予你一定的经济补偿等。
- 邀请第三方参与协商：如果直接与邻居沟通存在困难或无法达成一致，可以邀请双方都信任的第三方，如村里的长辈、居委会工作人员等参与协商。第三方的介入可以在中立的立场上帮助双方分析问题、化解矛盾，促进协商的顺利进行。
申请调解
- 向村委会或居委会申请调解：村委会或居委会作为基层群众自治组织，具有调解民间纠纷的职能。你可以向他们提交书面申请，说明桩基被侵占的情况以及你的诉求，请求他们组织调解。在调解过程中，要积极配合调解人员的工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 向人民调解委员会申请调解：人民调解委员会是依法设立的调解民间纠纷的群众性组织，具有专业的调解人员和丰富的调解经验。你可以向当地的人民调解委员会提出调解申请，他们会根据具体情况安排调解员进行调解。调解成功后，双方会签订调解协议书，该协议书具有法律约束力，双方应当履行。
提起诉讼
- 确定诉讼请求：在决定提起诉讼前，你需要明确自己的诉讼请求，例如要求邻居停止侵占桩基、返还被侵占的桩基部分、赔偿因侵占给你造成的损失等。诉讼请求要具体、明确、合理，以便法院进行审理和判决。
- 准备诉讼材料：准备好起诉状、证据材料等诉讼文件。起诉状要写明原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由等内容；证据材料要按照法院的要求进行整理和提交，确保证据的真实性、合法性和关联性。
- 向法院提起诉讼：将准备好的诉讼材料提交给有管辖权的人民法院，缴纳诉讼费用，正式启动诉讼程序。法院会依法受理案件，并安排开庭审理。在庭审过程中，要积极配合法官的审理工作，如实陈述事实，提供证据，进行辩论等。
- 执行判决：如果法院判决支持你的诉讼请求，邻居应当在规定的期限内履行判决义务。如果邻居不履行判决，你可以向法院申请强制执行，法院会采取相应的强制措施，如查封、扣押、拍卖财产等，确保你的合法权益得到实现。