结论：针对公司没钱还上合同款且说不清楚款项去向的情况，可以从以下几个角度进行分析和处理：一是尝试通过协商解决；二是考虑通过法律途径追讨欠款；三是关注公司是否存在转移资产等恶意逃避债务的行为。

1. 协商解决：

   • 沟通协商：首先，建议尝试与公司进行友好沟通，了解其财务状况和款项去向的具体情况。虽然公司表示没有虚构项目，但款项去向不明可能涉及内部管理问题或资金链断裂等复杂情况。通过沟通，可以尝试达成还款计划或分期还款等协议，以减轻公司的即时还款压力，同时也保障您的权益。
   • 书面协议：如果双方能够达成一致，务必签订书面协议，明确还款金额、时间、方式等关键条款，并保留好相关证据，如邮件、短信、录音等，以备不时之需。

2. 法律途径追讨欠款：

   • 发送律师函：如果协商无果，可以考虑委托律师向公司发送律师函，正式要求其履行还款义务。律师函具有法律效应，能够对公司形成一定的法律压力，促使其尽快还款。
   • 提起诉讼：若公司仍拒不还款，您可以向法院提起诉讼，要求公司偿还合同款及可能产生的利息、违约金等。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明公司欠款的事实，如合同、发票、付款记录等。
   • 申请强制执行：如果法院判决公司还款，但公司仍不履行，您可以向法院申请强制执行，通过查封、扣押、拍卖等措施，强制公司履行还款义务。

3. 关注公司恶意逃避债务行为：

   • 资产转移：在追讨欠款的过程中，要密切关注公司是否存在转移资产等恶意逃避债务的行为。如果发现公司有此类行为，可以及时向法院申请财产保全，防止公司资产进一步流失。
   • 破产申请：如果公司确实无力偿还债务，且存在破产原因，您可以考虑向法院申请公司破产。在破产程序中，公司的资产将被清算并用于偿还债务，您的债权也将得到一定程度的保障。但需要注意的是，破产程序可能较为复杂且耗时较长，需要做好充分的准备和评估。

额外建议：

• 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击等不利于问题解决的方式。
• 及时咨询专业律师的意见和建议，以便更好地维护自己的合法权益。作为专注于合同纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。
• 保留好所有与纠纷相关的证据和文件，以便在需要时能够及时提供给法院或律师进行审查和分析。