面对农村自留地在1998年被他人侵占的情况，为了有效维护您的合法权益，您可以按照以下详细步骤来处理：
一、明确占地情况与收集充分证据
核实土地权属：
- 您需要仔细核查被占用的土地是否确实属于您的自留地。这可以通过查阅土地使用证、承包合同等官方文件来确认。
- 同时，了解具体的占用情况，包括占用开始的时间、占用的面积大小，以及土地上是否已建有建筑物或其他设施。
收集证据材料：
- 搜集所有与土地权属相关的文件，如土地使用证、承包合同、土地分配记录等。
- 拍摄现场照片或视频，记录土地被占用的现状，包括占用的范围、建筑物或设施的情况等。
- 如果可能，收集目击者的证言或书面陈述，以进一步证明土地被占用的事实。
二、尝试与占用方进行沟通与协商
主动联系占用方：
- 通过电话、书面信函或面对面交流的方式，主动与占用方取得联系。
- 了解其占用土地的原因和意图，明确表达您对土地的合法权益，并要求对方停止占用行为。
保留沟通记录：
- 在沟通过程中，注意保留聊天记录、通话录音或书面协议等证据，以备后续维权之需。
达成书面协议（如可能）：
- 如果双方能够达成一致，建议签订书面协议，明确双方的权利和义务，包括占用方停止占用的时间、恢复土地原状的责任等。
三、寻求基层组织的调解与帮助
向村民委员会或乡镇政府申请调解：
- 如果与占用方的协商无果，您可以向当地的村民委员会或乡镇政府等基层组织申请调解。
- 这些机构通常熟悉当地情况，具有一定的权威性和公信力，有助于协调解决纠纷。
提供详细情况与证据：
- 在向基层组织反映问题时，您需要详细说明土地被占的情况、与占用方的沟通过程及结果，并提交之前收集的相关证据材料。
- 这将有助于基层组织更好地了解真实情况，并开展有效的调解工作。
四、运用法律途径来维护自身权益
考虑行政复议或诉讼（如涉及政府行为）：
- 如果您认为政府的征收行为违法（如程序不合法、补偿不合理等），您可以在规定期限内向上一级行政机关申请行政复议。
- 如果对复议结果不满意或不愿经过复议程序，您可以直接向人民法院提起行政诉讼，由法院对政府征收行为的合法性进行审查。
提起民事诉讼（针对私人或企业非法占用）：
- 对于私人或企业非法占用土地的行为，如果您与对方协商不成、基层组织调解也无果，您可以向人民法院提起民事诉讼。
- 在诉讼过程中，您需要准备充分的证据材料来支持您的主张，包括土地权属证明、占用证据、沟通记录等。
- 您可以要求侵权方停止侵权行为、恢复土地原状，并赔偿因占用行为给您造成的经济损失。
申请农业主管部门调解或仲裁：
- 您还可以考虑向县级以上人民政府农业农村主管部门申请调解处理土地纠纷。
- 或者，根据土地承包仲裁委员会的仲裁结果来维权。如果您对仲裁结果不服，同样可以向人民法院提起诉讼。
五、在整个过程中保持冷静与理性
- 在处理土地被占用的问题时，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击。
- 密切关注相关法律法规和政策的变化，及时调整您的维权策略。
- 如果需要，您可以咨询专业的法律人士或律师，以获取更具体和专业的法律建议。
通过以上步骤，您可以更有效地维护自己的合法权益，解决农村自留地被侵占的问题。