工程招标单位指定下属子公司签订施工合同，其有效性需分情况讨论：
若招标程序合法且子公司具备相应资质：
- 在这种情况下，招标单位指定下属子公司签订施工合同，并不直接违反法律法规的强制性规定。关键在于子公司是否具备承接该工程的相应资质，以及招标过程是否遵循了公开、公平、公正的原则。如果子公司具备相应资质，且招标过程合法合规，那么签订的施工合同通常是有效的。
若招标程序存在违法或子公司不具备资质：
- 如果招标过程存在违法违规行为，如串通投标、虚假招标等，或者子公司不具备承接该工程的相应资质，那么签订的施工合同可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。此外，如果招标单位通过指定子公司的方式，规避了法定招标程序或限制了其他潜在投标人的竞争，也可能影响合同的有效性。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。招标单位不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇。同时，承接工程的单位应当具备相应的资质条件。
- 法律建议：对于招标单位而言，应当确保招标过程的合法合规性，避免指定子公司等可能引发争议的行为。如果确实需要与子公司合作，应当确保子公司具备相应资质，并通过合法合规的招标程序进行选择。对于投标人而言，如果发现招标过程存在违法违规行为或子公司不具备资质等情况，可以向相关监管部门投诉或举报，以维护自身合法权益。
可能的法律后果：
- 如果施工合同被认定为无效，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。因此，招标单位和子公司可能面临财产返还、赔偿损失等法律后果。
在实际操作中，工程招标单位指定下属子公司签订施工合同的有效性问题可能涉及多个方面的法律考量。如果你面临类似情况或有进一步疑问，可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律分析和建议。