销售散装种子并允许他人套牌使用，这一行为是违法的。以下从不同角度为你详细分析：

一、商标侵权角度

1. 商标权保护：商标权是商标所有人对其注册商标所享有的独占的、排他的权利。任何未经商标权人许可，在同一种商品或类似商品上使用与其注册商标相同或近似的商标，以及销售侵犯注册商标专用权的商品的行为，均构成商标侵权。

2. 套牌使用的违法性：销售散装种子并允许他人套牌使用，实际上是在未经商标权人许可的情况下，使用了与注册商标相同或近似的标识，这侵犯了商标权人的专用权。即使销售的是散装种子，但一旦套牌使用，就构成了对商标权的侵犯。

二、种子管理法规角度

1. 种子标签和使用说明管理：根据《中华人民共和国种子法》等相关法律法规，种子生产经营者应当对其提供的种子的标签和使用说明的真实性负责，确保标签和使用说明的内容与销售的种子相符。套牌使用种子，实际上是在伪造或变造种子标签，违反了种子管理法规。

2. 种子质量监管：种子质量直接关系到农业生产的稳定和农民的利益。套牌使用种子可能导致种子质量无法得到保障，进而损害农民的利益。因此，从种子质量监管的角度来看，套牌使用种子也是违法的。

三、法律后果

1. 民事责任：商标权人或种子生产经营者有权要求侵权者停止侵权行为，并赔偿因其侵权行为所造成的损失。这包括直接经济损失和间接经济损失，如因侵权行为导致的市场份额减少、品牌声誉受损等。

2. 行政责任：相关行政管理部门有权对套牌使用种子的行为进行查处，包括没收违法所得、罚款等行政处罚。情节严重的，还可能吊销种子生产经营许可证。

3. 刑事责任：如果套牌使用种子的行为构成犯罪，如假冒注册商标罪、生产销售伪劣产品罪等，侵权者还将承担刑事责任。

四、建议

1. 遵守法律法规：作为种子生产经营者或销售者，应当严格遵守相关法律法规，确保种子的标签和使用说明的真实性，不进行套牌使用等违法行为。

2. 加强知识产权保护意识：提高对商标权等知识产权的保护意识，尊重他人的知识产权成果，不侵犯他人的合法权益。

3. 寻求法律帮助：如果遇到商标侵权或种子管理方面的法律问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，销售散装种子并允许他人套牌使用是违法的，不仅侵犯了商标权人的专用权，还违反了种子管理法规。因此，建议种子生产经营者和销售者严格遵守相关法律法规，加强知识产权保护意识，避免涉及此类违法行为。如果你还有其他关于知识产权或种子管理方面的法律问题，可以直接向我咨询。