结论：公司临时将长期执行的六小时班次改为其他时长，这一行为是否合法以及员工该如何应对，需分情况讨论，主要取决于变更班次时长是否符合法律规定、劳动合同约定以及公司是否履行了相应程序。以下是具体分析：
若劳动合同中有明确约定班次时长，公司单方面变更可能违法
劳动合同是员工与公司之间确定劳动关系的重要依据，其中约定的班次时长属于劳动合同的重要内容。根据《劳动合同法》第三十五条规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，变更劳动合同应当采用书面形式。如果劳动合同中明确约定了六小时班次，公司临时单方面改变班次时长，未与员工协商一致且未采用书面形式变更劳动合同，那么公司的行为可能构成违法变更劳动合同，员工有权拒绝。若公司因此对员工进行处罚或解除劳动合同，员工可以依据《劳动合同法》的相关规定，要求公司继续履行原劳动合同或者支付经济补偿金等。
若劳动合同未明确约定班次时长，但公司变更行为违反法定工时制度，也可能违法
即使劳动合同中没有明确约定班次时长，公司变更班次时长也需要遵守国家关于工时制度的规定。根据《劳动法》及相关规定，标准工时制为每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。如果公司变更后的班次时长超过了法定标准工时，且未依法安排补休或支付加班工资，那么公司的行为可能违反法定工时制度。在这种情况下，员工可以向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为，并保障员工的合法权益。
若公司因生产经营需要变更班次时长，且履行了相应程序，可能合法
如果公司因生产经营需要，确实需要变更班次时长，且能够证明这一变更的合理性和必要性，同时履行了与工会或职工代表协商、告知员工等程序，那么公司的变更行为可能是合法的。但即使如此，公司也需要确保变更后的班次时长符合法定工时制度，并依法安排补休或支付加班工资。如果员工对公司的变更行为有异议，可以通过与公司协商、申请劳动仲裁等方式维护自己的权益。
建议：面对公司临时改变班次时长的情况，员工可以先查看劳动合同中是否有关于班次时长的约定，并了解国家关于工时制度的规定。如果认为公司的变更行为违法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司恢复原班次时长或给予合理的补偿。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。