针对您提出的“人事档案没有违法记录，退休时单位有存根还会放入个人档案吗”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确人事档案的作用和构成。人事档案是记录个人政治面貌、学习经历、工作经历等重要信息的历史材料，是相关部门机构开展人事管理和服务的重要依据。在办理职称评审、报考公务员、参加事业单位公开招聘、入党政审、养老待遇核准等事项时，都需要用到档案中的相关材料。
关于您提到的“没有违法记录”的情况，这通常是档案中的一部分内容，用于反映个人的遵纪守法情况。而单位在退休时的存根，一般记录的是员工在职期间的工作表现、薪资情况、考勤记录等与工作直接相关的信息。
接下来，我们分析单位存根是否会放入个人档案：
档案更新原则：档案管理服务机构会依据档案材料提供服务，当相关部门形成新材料时，应及时进行归档。这意味着，如果单位存根包含了与个人档案相关的新信息，且这些信息对于个人档案的完整性和准确性有重要影响，那么这些存根是有可能被放入个人档案的。
存根内容与档案关联性：单位存根的内容如果与个人档案中的工作经历、薪资情况等直接相关，且这些信息在个人档案中尚未完整记录或需要更新，那么存根就很可能会被作为补充材料放入个人档案。
实际操作流程：在退休时，单位通常会与档案管理部门进行沟通，确认需要归档的材料清单。如果单位存根被认定为需要归档的材料之一，那么它将会被正式放入个人档案中。
综上所述，单位在退休时的存根，如果包含了与个人档案相关且需要归档的新信息，是有可能被放入个人档案的。但具体是否放入，还需根据档案管理部门的规定和实际操作流程来确定。
最后，我建议您在退休前与单位的人事部门或档案管理部门进行沟通，了解清楚需要归档的材料清单和流程，以确保个人档案的完整性和准确性。同时，您也可以定期查询自己的档案状态，确保档案中的信息与实际情况相符。