乡镇综合执法在一定条件下可以对耕地建房立案。具体分析如下：

1. 法律依据与执法权限
   根据《土地管理法》第七十七条、第七十八条，县级以上人民政府自然资源主管部门有权对非法占用土地（包括耕地）建房的行为进行查处。但需注意：

   • 乡镇综合执法的权限来源：若地方政府通过委托执法或赋权清单形式，将自然资源领域的部分行政处罚权交由乡镇综合执法机构行使（依据《行政处罚法》第十九条），则乡镇综合执法可立案查处。
     
   • 典型案例：部分省份已出台文件（如《XX省赋予乡镇（街道）县级经济社会管理权限指导目录》），明确将“对非法占用土地建房的处罚”纳入乡镇综合执法范围。

2. 立案条件与程序要求
   乡镇综合执法立案需满足以下条件：

   • 违法事实清楚：需通过现场勘验、询问笔录、卫星影像等证据，证明建房行为未经批准且占用耕地（需区分永久基本农田和一般耕地，后者处罚力度可能不同）。
     
   • 程序合法：需遵循《行政处罚法》规定的立案、调查、告知、听证、决定等程序，避免因程序违法导致案件被撤销。
     
   • 技术支撑：对耕地性质的认定需依赖自然资源部门的“三调”数据或动态监测图斑，乡镇执法机构通常需申请相关部门协助提供技术证明。

3. 实践中的常见问题

   • 权限争议：若地方政府未明确赋权，乡镇综合执法可能因“越权执法”被复议机关或法院撤销处罚决定。
     
   • 证据固定难度：耕地建房行为可能涉及历史遗留问题（如“一户一宅”认定），需结合地方政策综合判断，对执法人员专业能力要求较高。
     
   • 后续执行问题：即使立案成功，若当事人拒不拆除，乡镇综合执法机构需申请法院强制执行，流程可能较长。

建议：若您遇到此类问题，可先通过当地政府官网查询乡镇综合执法的“赋权清单”，确认其是否具有相关权限；同时保留建房审批文件、土地权属证明等材料，以便在执法过程中维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。