在民事案件中，若合伙清算穷尽取证后仍存在账目问题，法院通常会根据不同情况采取以下处理方式：

1. 法院组织专业审计
   若双方对账目真实性存在争议且无法自行举证，法院可能依职权或依申请委托第三方审计机构对合伙账目进行司法审计。审计范围包括但不限于：
   

• 合伙期间全部财务往来记录
  
• 资产处置及负债情况
  
• 利润分配与亏损承担的合规性
  审计报告将作为法院认定事实的关键证据，若一方对审计结果有异议，需在指定期限内提出书面质证意见并申请补充审计或专家鉴定。

1. 推定账目真实性规则
   根据《民法典》及相关司法解释，若一方持有账目但拒不提交，法院可推定对方主张的账目内容为真实。例如：
   

• 隐匿或销毁账目的合伙人需承担不利后果
  
• 无法提供原始凭证时，法院可能采纳银行流水、税务申报等替代证据
  
• 合伙协议约定“账目公开”但未履行的，守约方可主张按出资比例分配剩余财产

1. 举证责任转移机制
   在清算纠纷中，举证责任可能动态转移：
   

• 主张清算的原告需初步证明合伙关系终止及存在可分配财产
  
• 被告若主张“已清算完毕”或“账目无问题”，需承担反向举证责任
  
• 涉及专业财务问题时，法院可能要求当事人提供专家辅助人出庭说明

1. 法院依职权调查取证
   根据《民事诉讼法》第67条，法院可依职权调查以下证据：
   

• 调取合伙企业工商内档
  
• 查询银行账户交易明细
  
• 向税务机关调取纳税记录
  
• 必要时可查封、扣押与案件相关的财务资料

实务建议：

1. 合伙协议应明确约定“账目保管期限”及“审计条款”，建议每年委托第三方机构出具审计报告
   
2. 清算前务必制作《财产清单》并由全体合伙人签字确认，保留资金往来凭证原件
   
3. 若发现账目异常，立即通过书面函件要求对方说明，并固定相关证据
   
4. 涉及复杂财务问题时，建议同步委托会计师与律师组成专业团队处理

如需进一步分析具体案情或准备诉讼材料，可直接向我提供合伙协议、账目摘要等关键文件，我将结合《合伙企业法》第21-53条及最新司法判例为您制定诉讼策略。