解除自然资源开发使用协议的案件性质，主要取决于协议本身的性质以及解除协议的具体原因和方式，它既可能属于民事案件，也可能属于行政案件。以下是对此问题的详细分析：
民事案件角度
协议性质：
- 如果自然资源开发使用协议是平等主体之间（如企业与企业、企业与个人）基于自愿、平等、公平的原则签订的，那么该协议具有民事合同的性质。
- 在这种情况下，解除协议的行为通常被视为民事法律行为，由此引发的纠纷属于民事纠纷。
解除原因：
- 若解除协议是因为一方违约、协议履行不能、情势变更等民事法律原因，那么解除协议的行为及其后果应受民事法律调整。
- 例如，因一方未按约定支付开发费用，另一方要求解除协议并追究违约责任，这属于典型的民事纠纷。
法律后果：
- 民事纠纷通常通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
- 在诉讼中，法院将依据民事法律的规定，对解除协议的合法性、有效性以及双方的权利义务进行裁决。
行政案件角度
协议性质：
- 如果自然资源开发使用协议是行政机关与相对人之间签订的，且涉及行政许可、行政审批等行政法律关系，那么该协议可能具有行政合同的性质。
- 行政合同是行政机关为实现行政管理目标，与相对人之间经过协商一致而订立的协议。
解除原因：
- 若解除协议是因为行政机关基于公共利益的需要、相对人违反行政法规或协议约定等行政法律原因，那么解除协议的行为可能被视为行政行为。
- 例如，因相对人未经批准擅自改变开发用途，行政机关要求解除协议并收回开发权，这可能引发行政纠纷。
法律后果：
- 行政纠纷通常通过行政复议或行政诉讼等方式解决。
- 在行政诉讼中，法院将依据行政法律的规定，对解除协议的行政行为的合法性、合理性以及相对人的权益进行审查。
综合分析
- 区分关键：判断解除自然资源开发使用协议属于民事案件还是行政案件的关键在于协议的性质以及解除协议的原因和方式。
- 建议行动：如果你面临此类纠纷，建议首先审查协议文本，明确协议的性质和双方的权利义务；然后分析解除协议的原因和方式，判断其是否涉及行政法律关系；最后根据具体情况选择合适的解决途径，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
在处理此类纠纷时，务必注意保留相关证据，如协议文本、支付凭证、通信记录等，以便在纠纷解决过程中维护自己的合法权益。如果你对此类问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。