结论：抚养费1000元三个月未付，违约金赔1200元是否合法，这主要取决于双方在协议或合同中的约定以及相关法律法规的规定。若双方有明确约定且该约定不违反法律法规的强制性规定，则可能是合法的；若没有约定或约定违反法律法规，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、双方有明确约定的情况
约定合法性：
- 如果双方在离婚协议、抚养协议或其他相关合同中明确约定了抚养费的支付金额、支付时间以及逾期支付的违约金数额，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不违反公序良俗、不显失公平等），那么该约定是具有法律效力的。
- 在这种情况下，如果一方未按照约定支付抚养费，另一方有权要求其按照约定支付违约金。因此，如果双方约定的违约金为1200元，且该约定合法有效，那么三个月未付抚养费而要求支付1200元违约金可能是合法的。
违约金合理性：
- 即便双方有约定，违约金的数额也应当合理。如果违约金过高，可能被视为显失公平，法院在审理时可能会根据实际情况进行调整。
- 一般来说，违约金的数额应当与违约所造成的损失相当，或者略高于损失以起到一定的惩罚和威慑作用。但不应过高到超出合理范围。
二、双方没有明确约定的情况
法律依据：
- 如果双方没有明确约定违约金，那么一方未支付抚养费时，另一方通常不能直接要求支付违约金。
- 在这种情况下，另一方可以通过法律途径要求对方支付拖欠的抚养费，并可能要求支付一定的利息或赔偿因拖欠造成的实际损失，但这通常不是以违约金的形式出现。
实际损失赔偿：
- 如果因对方未支付抚养费而造成了实际损失（如孩子因缺乏抚养费而无法接受正常教育、医疗等），另一方可以要求对方赔偿这些实际损失。
- 但这种赔偿通常需要提供充分的证据来证明损失的存在和数额。
三、法律法规的强制性规定
- 无论双方是否有约定，抚养费的支付和违约金的约定都应当遵守相关法律法规的强制性规定。
- 例如，抚养费的数额应当根据孩子的实际需要、父母的负担能力和当地的实际生活水平来确定，不应过高或过低。
- 同时，违约金的约定也不应违反法律法规的强制性规定，如不应违反公序良俗、不应显失公平等。
建议：
- 如果您面临抚养费支付和违约金的问题，建议首先查看双方之间的协议或合同，了解是否有明确的约定。
- 如果有约定且该约定合法有效，那么可以按照约定来执行；如果没有约定或约定存在争议，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 在任何情况下，都应当遵守相关法律法规的强制性规定，确保自己的权益得到合法保护。
示例计算（假设存在合法有效的违约金约定）：
- 抚养费每月1000元，三个月未付，则拖欠的抚养费总额为：\(1000元/月 \times 3月 = 3000元\)。
- 如果双方约定违约金为拖欠抚养费总额的40%（仅为示例，实际比例需根据约定确定），则违约金为：\(3000元 \times 40\% = 1200元\)。
- 在这种情况下，如果约定合法有效，则要求支付1200元违约金是合法的。但请注意，这只是一个示例计算，实际违约金数额需根据双方的具体约定来确定。