结论：抚养费1000元三个月未付，违约金赔900元是否合法，需视具体情况而定，主要取决于双方是否有明确的违约金约定以及该约定是否合法合理。

分析：

1. 双方有明确违约金约定：

   • 如果双方在抚养协议或相关法律文书中明确约定了违约金条款，比如“若一方未按时支付抚养费，需按未支付金额的X%支付违约金”，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。
   • 在此情况下，如果三个月未付的抚养费总额为3000元（1000元/月×3月），而违约金约定为未支付金额的30%（即900元），且这一比例在合理范围内（通常认为，违约金过高或过低都可能被法院调整，但30%在一般商业合同中常被视为合理范围，抚养协议虽非商业合同，但此比例可作为参考），则违约金赔900元是合法的。

2. 双方无明确违约金约定：

   • 如果双方没有明确约定违约金，那么一方未按时支付抚养费，另一方通常只能要求支付拖欠的抚养费及可能的利息（如果双方有约定或法律有规定），而不能直接要求支付违约金。
   • 在此情况下，违约金赔900元就没有法律依据，是不合法的。

3. 违约金约定的合法性：

   • 即使双方有违约金约定，如果该约定显失公平（如违约金过高，远超过实际损失）、违反法律法规的强制性规定（如约定违约金为非法利益）或违背公序良俗，那么该约定可能被法院认定为无效或部分无效。
   • 在抚养费纠纷中，如果违约金约定过高，法院可能会根据实际情况进行调整，以保护弱势方的利益。

建议：

• 如果双方有明确的违约金约定，且该约定合法合理，那么可以按照约定执行。
• 如果双方没有违约金约定，或者约定存在合法性问题，建议通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷，要求支付拖欠的抚养费及可能的利息。
• 在任何情况下，都建议保留好相关证据（如抚养协议、支付记录、沟通记录等），以便在需要时证明自己的主张。

公式计算（如适用）：

• 如果双方约定了违约金比例，且该比例合法合理，则违约金计算公式为：违约金=未支付抚养费总额×违约金比例。
• 在本例中，若违约金比例为30%，则违约金=3000元×30%=900元。

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