针对“政府侵占股份有限公司”这一问题，核心前提是政府行为涉嫌侵犯股份有限公司的合法权益，以下分情况说明处理方式：

1. 确认行为性质与法律依据
   首先需明确政府行为的性质（如行政征收、行政处罚、行政强制等），并核查其是否符合《公司法》《行政许可法》《行政处罚法》《国有土地上房屋征收与补偿条例》等法律法规的授权范围及程序要求。若政府行为缺乏法律依据或程序违法，则可能构成侵权。

2. 协商与行政复议

   • 协商解决：公司可先与政府相关部门沟通，要求其说明行为依据并协商补偿或纠正措施。
     
   • 行政复议：若协商无果，公司可在知道该行为之日起60日内向上一级行政机关或本级人民政府申请行政复议，请求撤销或变更侵权行为。

3. 行政诉讼
   若行政复议未获满意结果，公司可在收到复议决定书之日起15日内，或直接在知道政府行为之日起6个月内，向人民法院提起行政诉讼，要求确认政府行为违法并赔偿损失。诉讼中需重点举证政府行为的违法性（如超越职权、程序违法、适用法律错误等）及公司因此遭受的损失。

4. 刑事报案（如涉及犯罪）
   若政府工作人员通过侵占公司财产、滥用职权等行为谋取私利，可能涉嫌贪污罪、滥用职权罪等刑事犯罪。公司可向监察委员会或公安机关报案，追究相关人员刑事责任，并主张刑事附带民事赔偿。

5. 其他救济途径

   • 国家赔偿：若政府行为被确认违法，公司可依据《国家赔偿法》申请行政赔偿，包括直接损失（如财产被侵占的价值）和合理间接损失（如停产停业损失）。
     
   • 信访与媒体监督：在法律程序外，公司可通过信访渠道反映问题，或依法通过媒体监督推动问题解决（需注意避免侵犯他人名誉权）。

关键提醒：

• 证据收集是核心，需保留政府行为文件、公司财产凭证、沟通记录等材料。
  
• 政府行为可能涉及复杂法律关系，建议委托专业律师分析行为合法性并制定策略。
  
• 诉讼时效严格，逾期可能丧失救济权利，需及时行动。
  

如有具体案件细节或需要进一步分析，可直接向我咨询。