在签证单与合同存在矛盾的情况下，结算的依据需根据具体情况来确定，但通常遵循以下原则：

1. 以合同约定为准的原则：

   • 合同是双方当事人意思表示一致的产物，具有法律约束力。在合同有效且内容明确的情况下，合同中的条款应当作为结算的首要依据。
   • 如果签证单的内容与合同条款相冲突，且没有充分的证据表明合同条款存在无效或可撤销的情形，那么一般应以合同条款为准进行结算。

2. 签证单作为补充证据的情况：

   • 签证单通常是对合同履行过程中某些具体事项的确认或变更，它可以在一定程度上补充或修改合同的内容。
   • 如果签证单的内容是对合同条款的明确补充或修改，并且这种补充或修改是双方当事人真实意思的表示，那么签证单的内容应当被纳入结算的考虑范围。
   • 在这种情况下，如果签证单与合同条款存在矛盾，需要综合分析两者的内容、签订时间、双方当事人的意图等因素，以确定哪个更具有优先效力。

3. 考虑实际履行情况：

   • 在实际履行过程中，如果双方当事人已经按照签证单的内容进行了操作，并且这种操作没有违反法律法规的强制性规定，也没有损害第三方的合法权益，那么签证单的内容可能在实际履行中被视为双方当事人的新约定。
   • 在这种情况下，如果结算时发生争议，法院或仲裁机构可能会考虑实际履行情况，以及签证单在实际履行中的作用，来综合判断结算的依据。

4. 法律程序与证据规则：

   • 如果双方无法就结算依据达成一致，可能需要通过法律程序来解决争议。在法律程序中，证据的提交和质证是关键环节。
   • 双方应当准备充分的证据来支持自己的主张，包括合同、签证单、实际履行情况的证明等。法院或仲裁机构将根据证据规则和法律规定，对证据进行审查和判断，以确定结算的依据。

法律建议：

• 在签订合同时，尽量明确、具体地约定结算方式、结算依据等关键条款，以减少后续争议的可能性。
• 在合同履行过程中，如果需要对合同内容进行补充或修改，应当及时签订书面签证单或补充协议，并确保双方当事人的签字或盖章。
• 如果发生结算争议，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和解决方案。

可能后果：

• 如果以合同条款为准进行结算，可能有一方当事人的利益会受到一定影响，特别是如果签证单的内容对其更有利的情况下。
• 如果以签证单为准进行结算，同样可能对另一方当事人的利益造成影响，特别是如果签证单的内容与合同条款存在较大差异的情况下。
• 在法律程序中，如果证据不足或证据规则适用不当，可能导致判决结果不利于一方当事人。

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