违建评估公司确实能对违章建筑进行评估，但评估的目的、方法和结果应用与合法建筑存在显著差异。以下是对此问题的详细分析：

一、评估的可能性

1. 技术层面：从技术角度来看，违建评估公司具备对违章建筑进行评估的能力。评估师可以依据相关标准和规范，对违章建筑的物理状况、结构安全、使用功能等进行全面检查和测量，进而得出其市场价值或重置成本等评估结果。

2. 法律需求：在某些特定情境下，如拆迁补偿、司法拍卖等，对违章建筑的价值进行评估成为必要环节。这些情境下，评估结果有助于确定合理的补偿金额或拍卖底价，确保相关程序的公正性和合理性。

二、评估的局限性

1. 合法性限制：违章建筑本身不具有合法性，因此其评估结果在法律上可能受到一定限制。例如，在拆迁补偿中，违章建筑通常无法获得与合法建筑同等的补偿标准，这体现了法律对违章建筑的否定性评价。

2. 市场接受度：由于违章建筑在市场上难以流通和转让，其评估价值往往低于同类合法建筑。这反映了市场对违章建筑风险的认知和担忧，也是评估结果应用时需要考虑的重要因素。

三、评估的应用场景

1. 拆迁补偿：在拆迁过程中，为了确定合理的补偿金额，可能需要对违章建筑进行评估。但需注意，补偿标准通常会考虑违章建筑的违法性质和实际情况，如建筑年代、结构安全等，以确保补偿的公平性和合理性。

2. 司法拍卖：在涉及违章建筑的司法案件中，如债务纠纷导致的财产处置，可能需要通过评估来确定拍卖底价。然而，由于违章建筑的特殊性，其拍卖过程可能面临诸多挑战，如买受人可能面临法律风险、建筑可能无法办理产权过户等。

3. 其他特定需求：在某些特殊情况下，如政府规划调整、历史遗留问题处理等，也可能需要对违章建筑进行评估以辅助决策。这些情境下，评估结果有助于政府或相关部门更全面地了解违章建筑的情况，从而制定更合理的处理方案。

四、法律建议

1. 谨慎评估：对于违章建筑，评估公司应谨慎进行评估，确保评估结果的客观性和准确性。同时，评估公司应明确告知委托人评估结果的局限性和可能面临的法律风险。

2. 合法处理：对于违章建筑，建议业主或相关方尽快咨询专业律师或相关部门，了解合法处理途径和程序。在合法处理违章建筑的过程中，评估结果可以作为重要参考依据。

3. 风险防范：对于涉及违章建筑的交易或处置行为，各方应充分认识到其中可能存在的法律风险，并采取相应措施进行防范。例如，在签订合同时明确约定违约责任和争议解决方式等。

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