综合工时制下，中午吃饭时间是否扣除，主要取决于该时间是否被计入工作时间以及劳动合同或公司规章制度的具体规定。以下是对此问题的详细分析：
综合工时制的基本概念：
- 综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许用人单位根据生产、工作的特点，将劳动者的工作时间进行综合计算，通常以周、月、季或年为周期。
- 在综合工时制下，劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，超出部分应视为加班。
中午吃饭时间是否计入工作时间：
- 一般原则：中午吃饭时间通常不被视为工作时间，因为这段时间劳动者并未从事工作活动，而是用于休息和用餐。
- 特殊情况：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定中午吃饭时间计入工作时间，或者劳动者在吃饭时间内仍需履行工作职责（如值班、待命等），则这段时间应被视为工作时间。
劳动合同和公司规章制度的作用：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了中午吃饭时间的处理方式，则应按照合同执行。
- 公司规章制度是用人单位为了维护正常的生产、工作秩序而制定的内部规则。如果规章制度中规定了中午吃饭时间的扣除或计入方式，且该规章制度不违反法律法规的强制性规定，则应按照规章制度执行。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果用人单位未经劳动者同意，擅自扣除中午吃饭时间作为工作时间，或者未按照劳动合同或公司规章制度的规定处理中午吃饭时间，可能构成违法行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 建议：对于劳动者而言，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解中午吃饭时间的处理方式。如果对此有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商。对于用人单位而言，应制定合法合理的规章制度，并明确告知劳动者中午吃饭时间的处理方式，以避免不必要的劳动纠纷。
总结来说，综合工时制下中午吃饭时间是否扣除，需根据劳动合同、公司规章制度以及实际情况来判断。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。