结论：根据您描述的情况，车辆在进入路口时发现是红灯就停了下来，绿灯亮起后继续通过路口，一般不会被扣分。以下从多个角度为您详细分析：
一、交通法规依据
根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条的规定：
在您的情况下，车辆在绿灯亮起时已经进入了路口（即已经越过了停止线），随后红灯亮起但车辆已经停下，并未继续通行（直至绿灯再次亮起后才通过）。这种行为并不违反上述法规中关于红灯禁止通行的规定，因为红灯亮起时，车辆已经处于停止状态，并未在红灯期间继续行驶。
二、实际情况判断
车辆位置：如果车辆在红灯亮起前已经越过了停止线，并且之后没有再移动（即停在了停止线以内或路口中间，但未完全通过），这通常不会被视为闯红灯行为。
妨碍通行：只要您的停车位置没有妨碍其他车辆和行人的正常通行，就不会受到处罚。如果因停车位置不当而影响了交通，可能会受到其他类型的处罚，如不按规定车道行驶等，但这与闯红灯无关。
三、电子眼抓拍原理
电子眼拍摄闯红灯的违法行为通常需要三张照片作为证据：车辆驶过停止线、车辆驶到路口中间以及车辆到达对面路口。在您的情况下，由于车辆在红灯亮起前已经越过了停止线，并且之后没有再移动（直至绿灯再次亮起），因此电子眼通常不会抓拍到完整的闯红灯证据。
四、特殊情况处理
虽然您的情况一般不会被扣分，但也有一些特殊情况需要注意：
前方障碍物：如果因前方障碍物（如交通事故、道路施工等）无法及时通过路口而停在路中间，一般也不会被处罚。但建议尽快联系交警说明情况，以避免不必要的麻烦。
交警指挥：在有交警现场指挥的情况下，应遵循交警的指挥通行。即使此时信号灯显示为红灯，只要按照交警的指挥行驶，也不会被视为闯红灯。
建议：虽然您的情况一般不会被扣分，但在日常驾驶中仍应严格遵守交通信号灯的规定，确保行车安全。如果您对交通违章或交通事故处理有任何疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。