结论：三年前未满十六周岁发生关系，现在仍然可以报案，但能否立案及追究刑事责任需根据具体情况判断。

分析说明：

1. 报案权利：

   • 报案是公民的权利，无论时间过去多久，只要发现犯罪行为，都有权向公安机关报案。因此，三年前未满十六周岁发生关系，现在仍然可以报案。

2. 刑事责任年龄与追诉时效：

   • 根据我国刑法规定，与未满十四周岁的幼女发生性关系，无论幼女是否自愿，均构成强奸罪，且从重处罚。若当时对方已满十四周岁但未满十六周岁，且发生关系时存在胁迫、诱骗等情形，也可能构成犯罪。
   • 关于追诉时效，根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年不再追诉。但需要注意的是，如果犯罪行为有连续或者继续状态的，或者犯罪行为在追诉期限以内又犯罪的，追诉期限从犯后罪之日起计算。此外，在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。对于性侵未成年人的案件，司法机关通常会给予高度重视，并可能不受追诉时效的限制，以保护未成年人的合法权益。

3. 立案条件与证据收集：

   • 报案后，公安机关会根据报案材料、证据情况等决定是否立案。由于时间已过去三年，证据可能难以收集，如物证、证人证言等可能已灭失或难以获取。因此，报案时需尽可能提供详细的线索和证据，如发生关系的时间、地点、对方身份信息、是否有目击者等。
   • 若能提供足够证据证明犯罪事实存在，且符合立案条件，公安机关会依法立案侦查。若证据不足或无法证明犯罪事实，公安机关可能不予立案。

4. 法律后果与救济途径：

   • 若案件被立案侦查并最终认定犯罪成立，犯罪嫌疑人将面临刑事处罚。同时，被害人有权要求犯罪嫌疑人承担民事赔偿责任，如医疗费、精神损害抚慰金等。
   • 若公安机关不予立案，被害人可以向人民检察院提出立案监督申请，要求人民检察院督促公安机关立案。或者，被害人也可以直接向人民法院提起自诉，要求追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

行动建议：

• 及时报案：若发现三年前未满十六周岁发生关系的犯罪行为，建议尽快向公安机关报案，并提供详细线索和证据。
• 配合调查：报案后，积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，提供证据材料。
• 寻求法律援助：若对报案、立案、侦查等程序有疑问或需要法律帮助，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。

特殊场景提醒：

• 若当时双方均未满十六周岁且发生关系时双方自愿，一般不构成犯罪。但需注意，若存在胁迫、诱骗等情形，仍可能构成犯罪。
• 若当时对方已满十四周岁但未满十六周岁，且发生关系时存在特殊情形（如对方患有精神疾病、智力障碍等无法表达真实意愿的情况），也可能构成犯罪。