结论：在一人有限公司股东死亡且违法事实不清楚的情况下，是否还能进行行政处罚，需分情况讨论。一般来说，若违法事实确实无法查清，则无法进行行政处罚；但若通过调查能查清违法事实，即便股东已死亡，仍可能对相关责任主体进行处罚。
分析：
违法事实无法查清的情况：
- 行政处罚的前提是存在明确的违法行为。如果在一人有限公司股东死亡后，由于证据灭失、证人缺失或其他原因，导致违法事实无法查清，那么行政机关将无法依据相关法律法规对该公司或相关责任人进行行政处罚。
- 在这种情况下，行政机关可能会作出不予处罚的决定，或者终止调查程序。这是因为行政处罚必须遵循“以事实为依据，以法律为准绳”的原则，缺乏事实依据的处罚是不合法的。
违法事实能够查清的情况：
- 尽管一人有限公司的股东已经死亡，但如果行政机关通过调查能够查清违法事实，并确定相关责任主体（如公司的其他管理人员、实际控制人等），那么仍然可以对这些责任主体进行行政处罚。
- 行政处罚的对象是违法行为人，而不是特定的个人。因此，即使股东死亡，只要能够确定其他责任主体，行政机关就有权依法进行处罚。
- 例如，如果股东在死亡前存在偷税漏税等违法行为，且这些行为能够通过公司的财务记录、交易凭证等证据得以证实，那么税务机关仍然可以对公司的相关责任人进行税务处罚。
法律建议：
- 对于一人有限公司而言，应建立健全的内部管理机制和合规体系，确保公司运营符合法律法规的要求。这样可以在一定程度上降低违法风险，避免因股东死亡等意外事件而引发的法律纠纷。
- 如果公司面临行政调查或处罚程序，应及时咨询专业律师，了解自身的权利和义务，并积极配合行政机关的调查工作。在律师的指导下，公司可以更有效地维护自身的合法权益。
后续行动：
- 如果您是一人有限公司的相关责任人或管理人员，且公司正面临此类法律问题，建议您直接向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。
- 同时，您也可以积极收集相关证据和资料，以便在行政调查或处罚程序中更好地维护公司的权益。