结论：危险品运输车在行驶中主车和挂车发生碰撞，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险合同的具体条款、事故原因及是否存在免责情形等因素。以下从不同角度展开分析：

1. 从保险合同条款角度
   • 若保险合同明确约定主车和挂车连接使用时视为一体，且对此类碰撞事故有相应保障条款：在这种情况下，只要事故符合合同约定的保障范围，比如属于意外事故、非故意行为导致等，保险公司通常会按照合同约定进行赔偿。例如，合同中规定在正常行驶过程中，因不可预见的原因导致主挂车碰撞，在保险金额范围内承担赔偿责任，那么保险公司就应依约赔付。
   • 若保险合同存在免责条款，且此次主挂车碰撞事故属于免责范围：比如合同中明确规定因驾驶员故意行为、违规操作（如超速、违规变道等）导致的主挂车碰撞，或者车辆未按照规定进行年检、维护等情况下发生的事故，保险公司将不承担赔偿责任。如果事故是由于驾驶员故意制造碰撞以骗取保险金，这显然属于故意行为，保险公司必然拒赔。
2. 从事故原因角度
   • 因不可抗力因素导致的主挂车碰撞：如遇到突发的自然灾害（地震、洪水等）、意外事件（前方车辆突然掉落障碍物等）导致主挂车无法避免地发生碰撞，在保险合同没有将此类情况列为免责范围的前提下，保险公司一般应当赔偿。因为不可抗力是不可预见、不可避免且不可克服的客观情况，不属于被保险人的过错。
   • 因被保险人或其允许的驾驶员的过错导致：如果碰撞是由于驾驶员疲劳驾驶、酒驾、毒驾、操作不当等过错行为引起的，保险公司是否赔偿要根据保险合同的具体约定。有些合同可能会对这类过错行为导致的部分损失进行一定比例的赔付，而有些则可能完全拒赔。例如，若合同约定酒驾导致的事故保险公司不赔，那么在这种情况下保险公司就不会承担赔偿责任。
3. 从保险类型角度
   • 交强险：交强险主要是对第三方的人身伤亡和财产损失进行赔偿。如果主挂车碰撞导致第三方受损，在交强险的赔偿限额内，保险公司会按照规定进行赔偿。但对于主挂车自身的损失，交强险一般是不赔偿的。
   • 商业险：商业险的种类较多，如车辆损失险、第三者责任险等。如果购买了车辆损失险，且主挂车碰撞事故属于该险种的保障范围，那么保险公司会对主挂车的车辆损失进行赔偿；如果购买了第三者责任险，对于主挂车碰撞造成的第三方损失，在保险金额范围内保险公司会承担赔偿责任。

建议：在处理此类事故时，首先要及时通知保险公司，保护好事故现场，以便保险公司进行查勘定损。同时，要仔细查看保险合同的条款，了解自己的权利和义务。如果对保险公司的理赔决定有异议，可以通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。如果你还有其他关于保险理赔或危险品运输车辆相关法律问题，欢迎直接向我咨询。