建设单位同意施工单位把主体结构分包工程是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律法规的明确规定
根据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条的规定，建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成，禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位，也禁止分包单位将其承包的工程再分包。这一条款明确规定了主体结构工程不得分包的原则，是判断分包行为合法性的重要依据。
二、主体结构工程的重要性
主体结构工程是建筑物的核心部分，直接关系到建筑物的安全性能和使用寿命。如果允许施工单位将主体结构工程分包给其他单位，可能会导致工程质量难以控制，增加安全隐患。因此，从保障工程质量和安全的角度出发，主体结构工程必须由总承包单位自行完成。
三、违法分包的法律后果
如果建设单位同意施工单位将主体结构工程分包，这种行为将构成违法分包。违法分包可能导致以下法律后果：
民事责任：因违法分包导致的工程质量问题或其他损失，由相关责任方承担民事赔偿责任。建设单位和施工单位可能需要共同承担因分包行为导致的损失。
行政责任：建设行政主管部门可能对违法分包行为进行行政处罚，如责令改正、罚款、吊销资质证书等。这些处罚措施将严重影响建设单位和施工单位的声誉和经营。
刑事责任：在严重情况下，违法分包可能构成犯罪，相关责任人员需承担刑事责任。例如，如果因违法分包导致重大安全事故，相关责任人员可能面临刑事指控。
四、合规建议与风险防范
为了避免违法分包带来的法律风险，建设单位和施工单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保分包行为的合法性和合规性。具体建议如下：
仔细审查合同条款：在签订建设工程合同时，应明确约定分包的范围和条件，确保分包行为符合法律法规和合同约定。
确保分包单位具备资质：在选择分包单位时，应仔细审查其资质条件，确保其具备完成分包工程所需的相应施工资质。
避免分包主体结构工程：无论建设单位是否同意，施工单位都不得将主体结构工程分包给其他单位。这是保障工程质量和安全的基本要求。
建立完善的分包管理制度：建设单位和施工单位应建立完善的分包管理制度和监督机制，确保分包行为的规范性和透明性。
综上所述，建设单位同意施工单位把主体结构分包工程是不合法的。为了避免法律风险，建设单位和施工单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保分包行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。