结论：公司前期员工代付了很多款项，盈利后“一笔清”的做法是否可行，需根据具体情况来判断，一般情况下，若双方有明确约定且不违反法律法规，是可以的；但若无明确约定或存在违法情形，则可能面临法律风险。以下从不同角度进行分析：

一、有明确约定的情况

如果公司与员工之间有明确的书面或口头约定，约定在公司盈利后，对员工前期代付的款项进行一次性清偿，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种“一笔清”的做法是可行的。

法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。只要双方约定合法有效，就应当受到法律的保护。

建议：

• 确保约定明确具体，包括代付款项的金额、清偿时间、方式等。
• 最好采用书面形式，以便在发生纠纷时作为证据使用。

二、无明确约定或约定不明的情况

如果公司与员工之间没有明确的约定，或者约定不明确，那么“一笔清”的做法就可能面临法律风险。因为此时，员工可能会主张按照实际代付的款项和合理的利息要求公司进行清偿，而公司则可能主张按照其他方式进行清偿，如分期支付等。

法律后果：

• 如果双方无法达成一致，可能会引发劳动争议或民事诉讼。
• 在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据和实际情况，判决公司按照何种方式进行清偿。

建议：

• 在没有明确约定的情况下，公司应与员工进行协商，达成一致意见后再进行清偿。
• 如果协商不成，可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助，以避免诉讼带来的时间和成本消耗。

三、存在违法情形的情况

如果公司利用“一笔清”的方式，逃避对员工的法定责任，如未依法缴纳社会保险费、未支付加班费等，那么这种做法就是违法的。员工有权向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担相应的法律责任。

法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，用人单位应当依法为劳动者缴纳社会保险费、支付加班费等。如果用人单位违反这些规定，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任。

建议：

• 公司应严格遵守法律法规，依法履行对员工的各项义务。
• 如果公司确实存在违法情形，应及时进行整改，并主动与员工进行协商，以避免法律纠纷的发生。

总结与进一步思考：公司前期员工代付了很多款项，盈利后“一笔清”的做法是否可行，需根据具体情况来判断。如果双方有明确约定且不违反法律法规，是可以的；但若无明确约定或存在违法情形，则可能面临法律风险。因此，建议公司在处理此类问题时，应谨慎行事，确保合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。