逃税罪立案后被检察院判处的罚金与税务稽查部门的罚款不能互相抵扣。具体分析如下：

1. 法律性质不同
   根据《刑法》第二百零一条，逃税罪的罚金属于刑事处罚，由法院在刑事判决中确定，目的是惩罚犯罪行为；而税务稽查部门的罚款属于行政处罚，依据《税收征收管理法》第六十三条作出，目的是维护税收征管秩序。二者性质完全不同，法律未规定可相互抵扣。

2. “一事不再罚”原则的适用边界
   该原则指对同一违法行为不得给予两次相同性质的处罚。但本案中，刑事罚金与行政罚款分属不同法律领域（刑法与行政法），且针对不同法律后果（犯罪与违法），因此不违反“一事不再罚”原则，不能直接抵扣。

3. 司法实践中的处理方式
   若纳税人已缴纳税务罚款，法院在判决罚金时可能酌情考虑已缴纳金额，但不会直接抵扣。例如，若税务罚款为50万元，法院可能根据犯罪情节判处30万元罚金，但不会将50万元罚款中的30万元视为罚金已缴纳。剩余罚款仍需执行，罚金需另行缴纳。

4. 特殊情形：行政处罚折抵刑期
   根据《行政处罚法》第三十五条，若行政拘留已被执行，后续判处拘役或有期徒刑时，可折抵相应刑期。但此规定仅适用于人身自由罚与刑罚的折抵，不适用于财产罚（罚款与罚金）。

建议：若面临此类情况，需同时履行行政罚款与刑事罚金义务。若经济困难，可向法院申请分期缴纳罚金，或与税务机关协商缴纳计划，但无法通过抵扣减少总额。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。