基本农田种植药材的查处权主要归属于县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门，具体依据药材种植是否改变基本农田用途来判定。以下从不同角度详细分析：
- 基本农田保护原则与用途限制
根据《基本农田保护条例》第十七条，基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动，也禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
药材种植是否属于“改变用途”需结合具体作物类型判断：
- 若药材为木本植物（如杜仲、厚朴等），或种植方式涉及深耕、改土等破坏耕作层的行为，可能被认定为“林果业”或“其他破坏活动”，此时查处权归自然资源主管部门（原国土资源部门）行使，依据《土地管理法》第七十五条对非法占用耕地行为进行处罚。
- 若药材为草本植物（如甘草、黄芪等），且种植方式符合耕地耕作要求（如不破坏耕作层、可轮作恢复），则可能不构成违法，但需注意部分地方性法规可能对基本农田种植非粮作物有额外限制，此时需结合地方规定判断。
- 部门职责分工与查处程序
- 自然资源主管部门：负责监督基本农田保护，对非法占用、破坏基本农田的行为进行查处。若发现药材种植导致耕作层破坏或永久性硬化（如建设大棚、硬化地面），将依据《土地管理法》第七十七条责令限期改正、恢复原状，并可处罚款；构成犯罪的，移送司法机关追究刑事责任。
- 农业农村主管部门：负责指导基本农田的农业结构调整，若药材种植未破坏耕作层且符合地方农业规划，可能由农业农村部门通过行政指导或限期整改方式处理；若涉及农药、化肥使用超标等农业面源污染问题，则依据《土壤污染防治法》等法规查处。
- 联合执法机制：实践中，自然资源与农业农村部门常建立联合执法机制，对基本农田种植药材行为进行联合调查，根据各自职责分工分别处理。
- 地方性法规的补充规定
部分省份通过地方立法对基本农田种植药材作出更严格限制。例如：
- 《XX省基本农田保护条例》可能明确规定“基本农田只能种植粮食作物”，此时任何药材种植均属违法，由县级自然资源部门查处；
- 若地方允许“粮药轮作”或“间作套种”，则需符合具体技术规范（如种植比例、耕作方式等），否则仍可能被认定为违法。
建议：若您涉及基本农田种植药材行为，需先核实当地对基本农田用途的具体规定，评估种植方式是否破坏耕作层，并咨询自然资源或农业农村部门确认合规性。如已面临查处，可依据《行政处罚法》要求执法部门出具书面处罚决定，并在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。