针对您提出的“违法占用基本农田哪里立案处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、立案处罚的机构
违法占用基本农田的立案处罚主要由县级以上人民政府土地行政主管部门（如自然资源局、农业农村局等）负责。这些部门具有对土地违法行为进行监管、查处和处罚的法定职责。
二、处罚对象及法律责任
实施占用行为的个人：
- 若个人未经批准擅自占用基本农田进行非农业建设，如建房、开办小型工厂等，将面临行政处罚，包括责令退还非法占用的耕地、恢复种植条件，并可能处以罚款。罚款额通常为耕地开垦费的1倍以上2倍以下。若行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
实施占用行为的单位：
- 企业或其他组织未经合法审批程序占用基本农田进行建设，如未取得相关用地手续即在基本农田上建设厂房，同样将面临行政处罚。处罚措施包括责令退还非法占用的土地、恢复种植条件、罚款，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予行政处分。若行为构成犯罪，也将依法追究刑事责任。
相关的责任人：
- 在占用基本农田的事件中，若涉及地方政府部门工作人员违法审批、失职渎职等情况，这些负有责任的工作人员也将成为处罚对象。他们可能受到行政处分，若构成犯罪，则依法追究刑事责任。
三、立案处罚的流程
发现违法行为：
- 土地行政主管部门通过日常巡查、群众举报、卫星遥感监测等方式发现违法占用基本农田的行为。
立案调查：
- 对发现的违法行为进行立案，并展开调查，收集相关证据，包括现场勘查、询问当事人、调取相关文件等。
作出处罚决定：
- 根据调查结果，土地行政主管部门将依法作出处罚决定，包括责令改正、罚款、拆除建筑物等。对于涉嫌犯罪的行为，将移送司法机关处理。
执行处罚决定：
- 处罚决定作出后，土地行政主管部门将监督当事人执行处罚决定，确保违法行为得到纠正。
四、建议与预防
为了避免法律风险和损失，我建议您或任何单位和个人在使用土地进行建设或其他活动前，务必先咨询当地相关部门并办理合法的审批手续。同时，政府和相关部门也应加强监管力度，确保基本农田的保护和合理利用。
综上所述，违法占用基本农田将面临严厉的法律制裁，包括行政处罚和刑事处罚。因此，请务必严格遵守相关法律法规，确保合规操作。