关于公司申请工伤再次鉴定费用由谁承担的问题，这主要取决于再次鉴定的结论与初次鉴定结论是否一致，以及公司是否依法为员工缴纳了工伤保险。以下是详细分析：
再次鉴定结论与初次鉴定结论一致：
- 在这种情况下，再次鉴定的费用通常由申请再次鉴定的一方承担。如果公司是申请方，那么费用就由公司承担。这是因为，当再次鉴定维持了初次鉴定的结论时，意味着初次鉴定是准确且合理的，因此再次鉴定的费用应由提出异议的一方（即公司）来承担。
再次鉴定结论与初次鉴定结论不一致：
- 如果再次鉴定的结论与初次鉴定不同，比如伤残等级有所提高或降低，那么费用承担情况就会有所不同。
- 若公司已为员工缴纳工伤保险：在这种情况下，再次鉴定的费用将由工伤保险基金支付。这是因为，工伤保险基金的目的就是为了分散工伤风险，保障员工在发生工伤时能够得到及时的医疗救治和经济补偿。因此，当再次鉴定结论与初次不同，且这种不同是由于工伤导致的伤残等级变化时，费用应由工伤保险基金承担。
- 若公司未为员工缴纳工伤保险：那么再次鉴定的费用将由公司自行承担。这是因为，公司未依法履行缴纳工伤保险的义务，导致员工在发生工伤时无法享受工伤保险基金的保障，因此公司应承担相应的费用。
实际操作建议：
- 公司应依法为员工缴纳工伤保险，这是分散工伤风险、保障员工权益的重要措施。
- 在申请工伤再次鉴定前，公司应充分评估初次鉴定的结论和再次鉴定的必要性，避免不必要的费用支出。
- 如果公司对初次鉴定结论有异议并决定申请再次鉴定，应做好费用承担的准备，并根据再次鉴定的结论及时调整后续的处理策略。
法律后果提示：
- 如果公司未依法为员工缴纳工伤保险，并在工伤发生后拒绝承担相关费用（包括再次鉴定费用），员工有权通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
- 公司应认识到，依法缴纳工伤保险不仅是法定义务，也是降低自身风险、维护员工关系的重要举措。
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