结论：公司已经实缴但章程规定出资期限超过5年的情况，是否需要变更章程，取决于公司的实际运营需求、股东之间的协商以及相关法律法规的要求。一般情况下，如果公司已经实缴完毕，且股东之间无异议，章程中的出资期限条款虽超过5年，但并非必须变更；然而，若存在特定情形，如影响公司运营、股东权益或违反法律法规等，则建议考虑变更章程。
一、无需变更章程的情形
公司已实缴完毕：如果公司已经按照章程规定或股东之间的约定，完成了全部实缴出资，且出资过程合法合规，那么章程中关于出资期限的条款，即使超过5年，也不再对公司和股东产生实际约束力。此时，若股东之间无异议，且不影响公司的正常运营，章程无需因此变更。
股东之间协商一致：股东作为公司的所有者，有权对公司章程进行修改。如果股东之间就出资期限问题达成一致，认为无需变更章程，且该决定不违反法律法规的强制性规定，那么章程可以保持不变。
二、建议变更章程的情形
影响公司运营：如果章程中规定的出资期限过长，导致公司在运营过程中面临资金短缺、融资困难等问题，影响了公司的正常运营和发展，那么建议股东之间协商变更章程，调整出资期限，以适应公司的实际需求。
股东权益受损：如果章程中规定的出资期限过长，导致部分股东长期无法享有其应有的股东权益，如分红权、表决权等，那么这些股东可能会提出变更章程的要求，以维护自己的合法权益。
违反法律法规：虽然一般情况下，章程中规定的出资期限超过5年并不违反法律法规的强制性规定，但如果该期限的设置违反了特定行业或领域的监管要求，或者与相关法律法规的精神相悖，那么建议公司及时变更章程，以避免潜在的法律风险。
三、变更章程的程序
如果股东之间决定变更章程中的出资期限条款，需要按照以下程序进行：
股东会决议：首先，需要召开股东会，就变更章程的事项进行审议和表决。根据《公司法》的规定，变更公司章程需要代表三分之二以上表决权的股东通过。
修改章程：在股东会决议通过后，需要按照决议内容修改公司章程，并确保修改后的章程内容合法合规。
办理变更登记：最后，需要将修改后的章程提交给公司登记机关进行变更登记，以确保公司章程的合法性和有效性。
建议：公司在运营过程中，应密切关注章程中关于出资期限等关键条款的设置，确保其符合公司的实际需求和法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。