当原判决被撤销后，已经执行的判决可以通过以下途径进行处理：
恢复原状：
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，如果原判决被撤销，且该判决的执行已经对当事人造成了实际影响，那么应当尽可能恢复原状。这意味着，因原判决执行而产生的财产变动、行为限制等，应当被撤销或恢复至判决前的状态。
- 具体操作：例如，如果原判决要求当事人缴纳罚款，而该判决被撤销，那么已经缴纳的罚款应当被退还；如果原判决要求当事人拆除建筑物，而该判决被撤销，那么当事人有权要求恢复建筑物的原状。
国家赔偿：
- 适用条件：如果原判决的执行给当事人造成了损害，且这种损害是由于国家机关及其工作人员的违法行为造成的，那么当事人有权依法获得国家赔偿。
- 赔偿范围：国家赔偿的范围通常包括因违法执行而造成的直接财产损失，以及可能的精神损害赔偿（在特定情况下）。但需要注意的是，并非所有因判决执行造成的损害都能获得国家赔偿，必须满足一定的法定条件。
- 申请流程：当事人需要向作出原判决的机关或其上级机关提出国家赔偿申请，并按照规定的程序进行申请和审核。
后续法律程序：
- 重新审理：原判决被撤销后，案件通常会发回原审法院或指定其他法院重新审理。在重新审理过程中，法院会重新审查案件事实、证据和法律适用，并作出新的判决。
- 执行新判决：如果重新审理后作出了新的判决，那么该新判决将取代原判决，成为执行依据。当事人需要按照新判决的内容履行义务或享有权利。
在处理原判决撤销后已执行判决的问题时，还需要注意以下几点：
- 及时申请：如果当事人认为原判决的执行给自己造成了损害，并希望获得恢复原状或国家赔偿，那么应当及时向相关机关提出申请。拖延时间可能会导致申请被驳回或赔偿金额减少。
- 保留证据：在处理此类问题时，当事人需要保留好与原判决执行相关的所有证据，如罚款收据、拆除建筑物的照片等。这些证据将有助于证明当事人的损失和申请国家赔偿的合理性。
- 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都是独特的。因此，当事人在处理此类问题时，最好咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
举例说明：
假设某公司因违反环保法规被法院判决缴纳罚款，并责令停产整顿。判决生效后，法院执行了该判决，公司缴纳了罚款并停产整顿。但后来，该公司发现原判决存在事实认定错误或法律适用不当等问题，并通过上诉或再审程序成功撤销了原判决。那么，该公司可以：
- 向法院申请退还已缴纳的罚款；
- 如果停产整顿给公司造成了经济损失，且该损失是由于原判决的错误执行造成的，那么公司可以考虑向相关机关申请国家赔偿；
- 同时，公司需要关注案件的重新审理情况，并按照新判决的内容履行义务或享有权利。